MaterialStudio v4.3安装手册 v1.0.docxVIP

一、背景介绍 Materials Studio 是一个采用服务器/客户机模式的软件环境，它为你的 PC 机带来世界最先进的材料模拟和建模技术。Materials Studio 使你能够容易地创建并研究分子模型或材料结构，使用极好的制图能力来显示结果。与其它标准PC 软件整合的工具使得容易共享这些数据。Materials Studio的服务器/客户机结构使得你的Windows NT/2000/XP，Linux和UNIX 服务器可以运行复杂的计算，并把结果直接返回你的桌面。Materials Studio 采用材料模拟中领先的十分有效并广泛应用的模拟方法。 Accelry’s的多范围的软件结合成一个集量子力学、分子力学、介观模型、分析工具模拟和统计相关为一体容易使用的建模环境。卓越的建立结构和可视化能力和分析、显示科学数据的工具支持了这些技术。无论是使用高级的运算方法，还是简单地利用Materials Studio 增强你的报告或演讲，你都可以感到自己是在用的一个优秀的世界级材料科学与化学计算软件系统。二、软件版本目前最新版本为4.4，本文档以4.3+sp1为例进行介绍。三、软件的安装设置 1、安装HPMPI可以用安装光盘中的hpmpi，或者其他途径获得的更新版的hpmpi，安装采用rpm方式. rpm –ivh hpmpi-2.03.01.00.x86_64.rpm配置环境变量： cat ~/.bashrc ######HPMPI########## export MPI_CC=icc export MPI_F77=ifort export MPI_F90=ifort export MPI_CXX=icpc MPI_ROOT=/opt/hpmpi PATH=${MPI_ROOT}/bin:$PATH MANPATH=${MPI_ROOT}/share/man:$MANPATH LD_LIBRARY_PATH=${MPI_ROOT}/lib/linux_amd64:$LD_LIBRARY_PATH export LM_LICENSE_FILE=${MPI_ROOT}/licenses/license.dat:$LM_LICENSE_FILE export PATH MANPATH LD_LIBRARY_PATH export MPI_REMSH=/usr/bin/ssh #2、Linux服务器版本安装目前MS有Linux版和Windows版两种，集群上推荐使用Linux版，但是很多用户习惯于在Windows平台下用Gateway的方式提交计算任务，因此，下面还会介绍Windows版的安装。首先获得安装需要的光盘或者镜像文件（MS43 U.nrg），以及版本相对应License文件（msi.lic）。将镜像文件挂载 mount MS43 U.nrg /media/ -o loop cd /media 用普通帐户安装 ./Install –t cluster按照缺省安装至结束，切换到root账号进行配置：使gateway自启动： cp /../Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/msgateway_control_18888 /etc/rc.d/init.d cd /../Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/ /sbin/chkconfig --add msgateway_control_18888 复制你的license文件到/../Accelrys/License_Pack/licenses （目录要与安装License管理软件的目录相一致）3、Windows服务器版本安装安装过程略安装完成后，把msi.lic或msilic.lic拷贝到安装目录的子目录.\LicensePack\Licenses中4、Linux环境下配置环境变量 cat ~/.bashrc # .bashrc # User specific aliases and functions # Parallel Environment Setting for Materials Studio 4.3 export MS_INSTALL_ROOT=~/Accelrys/MaterialsStudio43/ export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3 export DMOL_TMP=~/scratch export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/Accelrys/LicensePack/linux/lib/ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_