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1-第一章 蛋白质结构的基本组件
?-螺旋 * 当φ或ψ旋转键所在酰胺平面的取向二等分H-Cα-R(侧链)平面,且该旋转键两侧的主链处于顺式构型时,规定φ和ψ均为零度。 当φ和ψ角度为正180度时,相邻肽平面呈现充分伸展状态的构象。 当φ和ψ角度为0度时,此构象不能存在,因相邻肽平面的酰胺基的H原子和羰基O原子之间的距离小于范得华距离。 从Cα沿键轴的方向观察,顺时针旋转的φ和ψ角度为正值,逆时针旋转为负值。 * * * * * 基于相关小分子和肽单位结构的精确几何参数,美国加州理工学院的Linus Pαuling在1951年首先提出α螺旋结构并预言它稳定地存在于蛋白质中。这一结构模型很快被美国剑桥的Mαx Pαrutz关于肌红蛋白和角蛋白的X-射线衍射分析所支持,随后被第一个实验测定的高分辨率肌红蛋白的晶体结构(1959,John Kendrew)所证实。现在大量已知蛋白质结构中,都发现有α螺旋普遍存在。 * * 在α螺旋中,肽单位都沿着螺旋轴以同一方向排布,因此其间所有氢键都指向同一方向。由于一个肽单位的NH和CO基各自具有极性,使其产生偶极矩,这一肽单位偶极矩也沿螺旋轴排布(图1-11)。这样产生的总效应就是使一段α螺旋整体成为一个偶极子,在其氨端荷局部正电,羧端荷局部负电(图1-11b)。这一偶极矩的量级相当于在螺旋的每一端产生0.5-0.7单位电荷,这些电荷有可能吸引荷电的配体。 * 对已知蛋白质结构的大量统计分析显示,不同的氨基酸对α螺旋的形成有不同的倾向。 * 310螺旋和π螺旋在蛋白质中偶有发现,只出现在α螺旋的末端或以不多于一圈的短段存在。 310螺旋和π螺旋的(φ, ψ)值分别为(-49?, -26?)和(-57?, -70?),拉氏图上均位于最大允许区的边缘,显示其结构的不稳定性。 310螺旋的一圈包含3个氨基酸残基,螺旋氢键的给体与受体间的原子数为10。这种螺旋过于紧密(内径小于1?),因而有张力。 π螺旋是4.415螺旋,一圈含有4.4个氨基酸,一个氢键闭合的环包含15个原子,在螺旋中心出现空腔,过于松散,在能量上也不稳定,因此在天然蛋白质结构中还没有发现过真实意义的这种螺旋。 * β层是天然蛋白质中另一种基本的结构组件,几乎在所有蛋白质中都有发现。 * * * * * * * 这一名称来源于其形貌特征,犹如一弯折的发卡。 * * 四类β发夹各自含有成员,它们具有相同的的氢键排布模式,但不同的环多个区残基,彼此间可以通过简单的氢键断裂相互转换。 * 3. 环肽链的构象和优势氨基酸 1、长环肽链构象 这类柔性肽链的构象难于测定,但常具有相当的柔性(flexibility) 生物学意义:这种柔性肽段的运动,可以将蛋白质的活性中心打开,也可以将其关闭,以适应在活性发挥不同阶段的不同立体化学环境要求 长链环一般易受蛋白酶降解,它们常常结合金属离子(主要是Ca2+)来稳定自己并拮抗蛋白酶的攻击 * 木瓜蛋白 组织蛋白酶 B * 2、短肽链环 构象取决于特定氨基酸残基(Gly、Asn、Pro)位置 对I型β转折,任何氨基酸都可出现在其i到i+3的位置,但Pro不能出现在i+2位置 在I型和Ⅱ型转折中,Asp、Asn、Ser和Cys经常出现在i位置,其侧链常与i+2残基NH成氢键 Gly和Asn最常出现在Ⅱ型转折的i十2位置 * 大量高分辨率高精度的蛋白质结构测定发现,短的环肽链并不是其可能构象的随机组合,而是具有明显的构象选择性,实际只存在有限的构象类型。 在此基础上,已建立了专门的环肽链结构库。这一环肽链库用于蛋白质结构预测和模型建造取得了显著成效。 * 目前,从确定的氨基酸序列预测多肽链环区构象的可信度已有可能大于α螺旋和β链。 由于环肽链是连接二级结构元素的主要结构因素,因此在蛋白质三级结构预测中,环链区构象的确定具有基本的重要性。 同时,由于环链区常常出现在生物活性位置,它们的三维结构构建常常也具有功能意义。 * 如抗体中的抗原结合位置是由6个肽链环区组成的,它们在不同的抗体中具有不同的长度和氨基酸序列。由于所有抗体的核心结构十分类似,因此从已知的抗体氨基酸序列来构建抗原位置,其环区构象的正确确定就是一个中心环节。借助近期关于肽链环区结构知识的迅速积累,这方面的工作已取得重要进展。 * * 1 2 3 4 Ⅰ型 多AspAsn Ser Cys 多Pro 非Pro 多Gly Ⅱ型 多AspAsn Ser Cys 多Pro Gly Asn 多Gly Ⅰ’型 多Gly 多Gly Ⅱ’型 多Gly Ⅲ型 Ⅲ’型 只能Gly 只能Gly β转折的构象与优势氨基酸 * 疏水内核:随着大量蛋白质结构被阐明,显示出蛋白质结构具有一个共同的特征:分子内都有一个疏水内核,由紧密堆积的疏水侧链构成。 蛋白质折叠的主
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