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数据库基本概念生物数据库建立和分析 主要内容 ♦什么是数据库？ ♦数据库可以做什么？ ♦构建数据库需要做那些工作？ ♦如何构建数据库？ ♦构建数据库的人员 ♦举例 一 什么是数据库 ♦资料库？（genebank ） ♦有没有结构？(Abstract Syntax Notation ASN.1 根据什么确定结构？） 谁使用、怎么使用。 ♦使用者的角度(不同的使用目的) ♦构建者的角度 ♦维护者（数据维护、系统维护DBA ）的 角度。 什么是数据库 ♦数据库是某个研究领域、研究对象所涉 及的数据的综合。他不仅反映数据本身 的内容，而且反映数据之间的联系。 信息和数据 ♦数据库研究的对象是数据及其存储管理。 数字、时间、字符、字符串、结构、对 象。 ♦数据是客观世界信息在计算机上的表示 locate、LOCUS 、ACCESSION 、PID 、 DBSOURCE 、ORIGIN ♦信息是什么？ 信息是什么？一 ♦核酸序列 ♦氨基酸序列 ♦功能 ♦外显子、内含子 （生物医学工作者对其研究领域的理解和 概念，但是计算机如何理解他们？） 信息是什么？二 ♦信息就是经过加工后的数据，它对接受者的决 策或行为有现实或潜在的价值。通俗地讲,信 息就是有用的消息。 ♦信息是有意义的 信息的接受者。 信息的作用。 信息的处理和加工。 信息的表现形式直接影响信息的被接受程度 （可视化）。 信息是什么？三 ♦现实世界的事物反映到人的脑子中来， 人们对这些事物有个认识过程，经过选 择、命名、分类等抽象工作后进入信息 世界。 ♦ （数据库）信息世界的概念 实体、属性、码、域、实体型、实体 集 联系。 ♦信息是有结构的（分类、聚集、概括） 信息是抽象的结果（舍弃） ♦抽象是有目的的 ♦抽象是有舍取的 ♦抽象 什么是数据 ♦生物医学工作者对其研究领域的理解和 概念，如何能被计算机所理解？ ♦计算机中对信息的表示 GeneName：FGFR1 （字符串） Location：8p12 （字符串） 。。。。。。 如何用数据表达信息及其结构 ♦描述系统的静态特性，即组成数据库的 对象类型 ♦数据的约束条件是完整性规则的集合， 规定数据库状态及状态变化所应满足的 条件，以保证数据的正确、有效、相容。 例如关系模型中的实体完整性、参照完 整性、用户定义的完整性等。 ♦依赖关系表征了属性与属性之间的关系 信息的存储与管理 ♦代表信息的数据存储于计算机中 ♦按照一定的结构和原则存储 类似于我们在仓库中存放物品 存储 第一步：确定物品分类（规格、型号） 第二步：入库 管理 查找、提取、更新 信息的发布和使用 Web database 数据 信息 处理 发布 二 数据库可以做什么 信息检索 数据共享（应用程序） 决策支持 信息检索 ♦查询 根据记录的一组属性值找出相应的记录 并得到需要的信息。 select CommonName from Protein where IsMultifunction ＝true ； ♦查询优化 分析 ♦数据挖掘 ♦统计分析 ♦决策支持 为程序提供数据 ♦程序的数据源 ♦应用程序更新修改数据库 ♦应用程序描述了数据库数据的处理规则 ♦在计算机上可运行的生物模型＝应用程 序＋数据库? 三构建数据库需要做什么 抽象 实现