梨反转录转座子逆转录酶序列预测及其进化和转录分析.pdfVIP

园 艺 学 报 2014 ，41（11）：2196 –2207 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 梨反转录转座子逆转录酶序列预测及其进化和 转录分析 蒋 爽，蔡丹英，滕元文* （浙江大学园艺系，农业部园艺植物生长发育与品质调控重点开放实验室，杭州 310058 ） 摘 要：基于生物信息学方法对‘酥梨’基因组中不同类型的逆转录酶进行预测，共获得 345 条 copia 类和 99 条 gypsy 类逆转录酶。通过系统聚类，copia 类逆转录酶可分为 Ivana 、Ale 、TAR、Angela 、Maximus 和 Bianca 等 6 类；gypsy 类逆转录酶可分为 Athila 、Tat、CRM、Reina 和 Tekay 等 5 类。序列比对结果显 示梨中逆转录酶具有较高的异质性，copia 类逆转录酶序列分歧度为 0.44，gypsy 类为 0.38 。挑选出 8 类 逆转录酶设计引物，并对梨属其它植物进行 PCR 扩增，结果显示这 8 类逆转录酶广泛存在于梨属植物中。 在砂梨品种‘圆黄’的叶片、种子和果实中均发现该 8 类逆转录酶存在一定的转录水平，这是首次发现 在梨属植物正常生长组织中逆转录酶发生转录。 关键词：梨；Ty1-copia ；Ty3-gypsy ；逆转录酶；预测 中图分类号：S 661.2 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2014 ）11-2196-12 Prediction，Evolution and Expression Analysis of Reverse Transcriptase of LTR Retrotransposons in Pear * JIANG Shuang ，CAI Dan-ying，and TENG Yuan-wen （Department of Horticulture ，The State Agricultural Ministry Laboratory of Horticultural Plant Growth，Development Quality Improvement，Zhejiang University ，Hangzhou 310058 ，China ） Abstract ：Different types of reverse transcriptase （RT ）sequences in the whole genome of Pyrus pyrifolia white pear group ‘Suli’were predicted by bioinformatics methods. A total of 345 RT sequences were obtained from copia group and 99 RT sequences were from gypsy group. The cluster analysis indicated that there were six lineages （Ivana ，Ale ，TAR，Angela ，Maximus and Bianca ）in copia group and five lineages in gypsy group （Athila ，Tat，CRM，Reina and Tekay）. Sequence alignment showed a high heterogeneity in both copia group and gypsy group ，and the divergence of RT in both groups was 0.44 and 0.38，respectively. Eight types of RT were selected to design primers ，each pair of primers showed cl