基于转录组测序在人类全基因组内鉴定与癌症相关的polyadenylation.PDF

中国科学: 生命科学 2013 年 第43 卷 第5 期: 376 ~ 386 SCIENTIA SINICA Vitae SCIENCE CHINA PRESS 论 文 基于转录组测序在人类全基因组内鉴定与癌症相 关的polyadenylation 和non-polyadenylation RNA ①②† ③† ④ ① ① ①⑤ ① 赵国光 , 焦飞 , 廖奇 , 罗海涛 , 李慧 , 孙亮 , 卜德超, 余鲲涛① ①* ①⑥* , 赵屹 , 陈润生 ① 中国科学院计算技术研究所生物信息学研究组智能信息处理重点实验室, 北京 100190; ② 中国科学院大学, 北京 100190; ③ 滨州医学院生物化学与分子生物学系, 烟台 264003; ④ 宁波大学医学院预防医学系, 宁波 315211; ⑤ 吉林大学计算机科学与技术学院, 长春 130012; ⑥ 中国科学院生物物理研究所, 生物信息和生物大分子国家重点实验室, 北京 100101 † 同等贡献 * 联系人, Email: biozy@; crs@ 收稿日期: 2013-03-12; 接受日期: 2013-03-29 国家自然科学基金(批准号: 和 、北京市自然科学基金(批准号: 5122029)和中国科学院科学知识创新工 程(批准号: KSCX2-EW-R-01)资助项目 摘要 真核生物的mRNA 包括 2 种形式的转录本, 根据它们 3′端是否存在poly(A)尾巴, 关键词 可以分为带 poly(A) 的 mRNA( 简写成 poly(A)+mRNA) 和不带 poly(A) 的 mRNA( 简写成 多聚腺苷酸化 非多聚腺苷酸化 poly(A)mRNA). Poly(A)+ mRNA 的主要功能是促进蛋白质的编码, 但是对poly(A) mRNA 功能注释 的功能却知之甚少. 而已有的研究表明, poly(A)mRNA 和双态(bimorphic)的mRNA( 即包含 高通量测序 poly(A)+mRNA 又包含 poly(A)mRNA)也是基因转录的一个重要部分. 本研究通过建立一 癌症生物信息学 个综合性的数据分析流程, 首先从不同细胞系中鉴定出这些不同形式的 mRNA, 然后比较 这些 poly(A)+及 poly(A)mRNA 在正常细胞系和对应的癌症细胞系中的表达差异, 从而确 定这些RNA 转录物的潜在功能. 通过生物信息学的分析表明, 在正常和肿瘤细胞系中确实 存在差异表达的 poly(A)+和 poly(A)mRNA. 对差异表达的基因进行功能富集, 结果表明, 这2 类mRNA 都富集了包括细胞周期、细胞凋亡及细胞死亡相关的功能, 而这些功能已经 被证明和癌症的发生和发展是密不可分的. 此外, 还有一类差异表达的 poly(A)mRNA 富 集了和翻译及翻译延长相关的功能. 因此, 本研究表明, poly(A)mRNA 也可能在癌症的发 生和发展中发挥着重要的作用. 引用格式: 赵国光, 焦飞, 廖奇, 等. 基于转录组测序在人类全基因组内鉴定与癌症相关的 polyadenylation 和 non-polyadenyl