生物信息学实验讲义.doc

生物信息学实验讲义 广东药学院 生命科学与生物制药学院 二○○七年一月 目 录 实验1. 计算机网上操作基本技能训练……………………………1 实验2. 常用分子生物学数据库类型、文件格式及数据库查询…2 实验3. 核酸序列分析………………………………………………3 实验4. 多重序列比对及系统发生树的构建………………………5 实验5. PCR 引物设计及评价………………………………………7 实验6. 蛋白质序列分析和结构预测………………………………9 实验一 计算机网上操作基本技能训练 【实验目的】 1、熟练掌握上网操作基本方法及技能。 2、掌握利用网络进行资料搜集的多种方法 【实验内容】 1、熟悉Internet Exporer 的基本使用方法及相关技巧，熟悉Internet Exporer网络配置。 2、掌握免费电子邮箱的申请方法并且能收发电子邮件。 3、掌握网上软件下载及安装方法。 4、用IE或netscape等浏览工具浏览、搜索各类信息 5、运用FlashGet 或网络蚂蚁等下载工具进行网络资料的下载以及运用各种上传工具上传资料到网络 6、利用Winzip或Winrar等压缩工具进行文件的压缩与解压 7、学习使用ftp 8、在网上自主学习了解生物信息学知识 【作业】 1、在D盘建立一个以自己名字命名的文件夹。 2、申请一个自已的免费电子邮箱，并发一封电子邮件到liushunhui@。 3、从网络上下载任意一个软件，并安装到计算机上。 4、用FTP获取一个蛋白质结构分析软件比如rasmol，下载后保存到你的文件夹中，以便以后运用其进行蛋白质结构分析。 5、下载一个有关生物信息学的教程，并保存到你的文件夹中，进行参考学习。 附表: 相关软件及搜索工具网址 搜索工具或软件名称 参考网站地址 Winrar /index.htm winzip /index.htm 网络蚂蚁Netants /index.htm FlashGet /index.htm rasmol ftp://ftp.dcs.ed.ac.uk Google 搜索引擎 Yahoo搜索引擎 新浪搜索引擎 搜狐搜索引擎 ? 实验二 常用数据库类型、文件格式及数据库查询 【实验目的】 1、掌握序列检索的操作方法； 2熟悉GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义； 3了解EBML数据库序列格式及其主要字段的含义； 4熟悉GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存； 5熟悉分子生物学软件的搜索与下载。实验1、使用Entrez信息查询系统检索核酸序列BC060830和NM_000230，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义； 2GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存； 3使用SRS信息查询系统检索核酸序列BC060830，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义；使用搜索引擎搜索并下载DNAClub和BioEdit软件。核酸序列BC060830 GenBank数据库主要字段的含义；核酸序列NM_000230 EBML数据库主要字段的含义实验三 核酸序列分析 【实验目的】 掌握已知序列接受号的核酸序列检索的基本步骤；掌握使用BioEdit软件进行核酸序列的基本分析熟悉基于核酸序列分析的真核基因结构分析（内含子/外显子分析）；了解基因的电子表达谱分析。DNA序列是一个基因需要有多个证据的支持。一般而言，在重复片段频繁出现的区域里，基因编码区和调控区不太可能出现；如果某段DNA片段的假想产物与某个已知的蛋白质或其它基因的产物具有较高序列相似性的话，那么这个DNA片段就非常可能属于外显子片段；在一段DNA序列上出现统计上的规律性，即所谓的“密码子偏好性”，也是说明这段DNA是蛋白质编码区的有力证据；其它的证据包括与“模板”序列的模式相匹配、简单序列模式如TATA Box等相匹配等。一般而言，确定基因的位置和结构需要多个方法综合运用，而且需要遵循一定的规则：对于真核生物序列，在进行预测之前先要进行重复序列分析，把重复序列标记出来并除去；选用预测程序时要注意程序的物种特异性；要弄清程序适用的是基因组序列还是cDNA序列；很多程序对序列长度也有要求，有的程序只适用于长序列，而对EST这类残缺的序列则不适用。 1. 重复序列分析 对于真核生物的核酸序列而言，在进行基因辨识之前都应该把简单的大量的重复序列标记出来并除去，因为很多情况下重复序列会对预测程序产生很大的扰乱，尤其是涉及数据库搜索的程序。 2. 数据库搜索 把未知核酸序列作为查询序列，在数据库里搜索与之相似的已有序列是序列分析预测的有效手段。在理论课中已经专门介绍了序列比对和搜索的原理和技术。但值得注意的是，由相