[赞]R语言教程笔记-入门级2--知其然.docx

PAGE14 / NUMPAGES14 R编程笔记2 简介 突出特点： 【多领域的统计资源】目前在R网站上约有2400个程序包，涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、空间分析、系统发育分析、生物信息学等诸多方面。 【免费】 缺点： 【占用内存】所有的数据处理在内存中进行，不适于处理超大规模的数据。 【运行速度稍慢】即时编译，约相当于C语言的1/20。 CRAN ： 全称The Comprehensive R Archive Network。 由世界几十个镜像网站组成网络，提供下载安装程序和相应软件包。各镜像更新频率一般为1-2天。 推荐镜像： 中国的镜像:数学所： HYPERLINK /mirrors/CRAN/ /mirrors/CRAN/ 即时更新的CRAN源： HYPERLINK / / 界面下如下（版本 R2.11.1） R程序包 （R packages） 4.1 什么是R程序包 R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等,window下是zip形式，安装时不要解压缩。R程序包是R功能扩展，特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。例如：系统发育分析，常用到ape程序包，群落生态学vegan包等。 常用R程序包 ade4 利用欧几里得方法进行生态学数据分析 adephylo 系统进化数据挖掘与比较方法 ape 系统发育与进化分析 apTreeshape 进化树分析 boot Bootstrap检验 cluster 聚类分析 ecodist 生态学数据相异性分析 FD 功能多样性分析 geiger 物种形成速率与进化分析 Graphics 绘图 lattice 栅格图 maptools 空间对象的读取和处理 mefa 生态学和生物地理学多元数据处理 mgcv 广义加性模型相关 mvpart 多变量分解 nlme 线性及非线性混合效应模型 ouch 系统发育比较 pgirmess 生态学数据分析 phangorn 系统发育分析 picante 群落系统发育多样性分析 raster 栅格数据分析与处理 seqinr DNA序列分析 sp 空间数据处理 spatstat 空间点格局分析，模型拟合与检验 splancs 空间与时空点格局分析 stats R统计学包 SDMTools 物种分布模型工具 vegan 植物与植物群落的排序，生物多样性计算 CRAN Task Views 中有对程序包的分类介绍 R程序包安装 1． 用函数 install.packages()， 如果已经连接到互联网，在括号中输入要安装的程序包名称，选择镜像后，程序将自动下载并安装程序包。例如： 要安装picante包,在控制台中输入 install.packages(picante) 2． 安装本地zip包 路径：Packagesinstall packages from local files 选择本地磁盘上存储zip包的文件夹。 程序包导入及使用 程序包的中函数，都要先导入，再使用 导入：library(vegan) 包中函数使用方法同R自带的函数使用方法一样。 查看帮助文件 1查询程序包内容： 1 菜单 帮助Html帮助 2 查看pdf帮助文档 2查询函数使用介绍： 1 ?t.test 2 RGuiHelpHtml help 3 apropos(t.test) 4 help(t.test) 5 help.search(t.test) 6 查看R包pdf手册 3解读帮助文件： lm{stats} #函数名及所在包 Fitting Linear Models #标题 Description #函数描述 Usage #默认选项 Arguments #参数 Details #详情 Author(s) #作者 References #参考文献 Examples #举例 例：帮助R函数帮助（文本）弹出点“确定”后弹出下面网页 或录入 函数与对象 R函数 函数形式 R是一种解释性语言，输入后可直接给出结果