SAXS数据处理方法 － 小角X射线散射数据处理方法.ppt

 SAXS数据处理方法1.FIT2D2.PRIMUS3.CRYSOL4.GNOM5.DAMIN/GASBOR6.SASREF    第一部分 FIT2D使用方法 第二部分 ATSAS系列软件 primus打开蛋白和buffer的CHI文件； crysol打开已知蛋白PDB和扣除buffer的dat; gnom打开扣除buffer后的dat文件； damin打开gnom生成的gnom.out文件； sasref打开扣除buffer后的dat文件，及crysol 生成的alm文件. 这部分软件比较智能化，很多只需按enter。 得到CHI文件后，用excel或者primus扣除buffer，这里介绍primus方法。 根据以上gnom得到的内部距离分布函数P(R)图，判断散射体的形状。 从上到下依次为实心球状，长柱状，圆盘状，空心球状，哑铃状。 如有更深层次问题，可以看ATSAS安装后文件夹里的ATSAS HELP 文件，里面有官方的更全面的软件说明。 第一行#1蛋白最后的Multiplier，输入相应buffer的电离室计数；第二行buffer输入蛋白的电离室计数，反过来。 点击Plot后可以看曲线 点击Subtract相减后，粉红色曲线即是扣除buffer后的蛋白样品.结果以subtr00.dat自动保存在源数据文件夹。 启动crysol软件，按默认一直点enter，先输入已知结构的PDB文件，再输入扣除buffer后的subtr00.dat 输入PDB和CHI后，得到拟合曲线，误差项为1.0539，比之前的处理方法最好的2.4599要小。 之后不要直接点叉关闭，一直点enter，会生成6个文件后自动关闭。 打开gnom软件，输入扣除buffer后的dat文件，之后大部分用默认，按enter，有一个值要注意 出现第一张图 这一项，根据蛋白PDB尺寸大小确定，可调，单位? 。 gnom会出现5张图，以下是例子 这是mrjp1四聚体结果图，据此 判断为哑铃状。 打开damin，输入gnom生成的out文件。一直按enter 拟合后的低分辨率原子结构图，但这只是一开始的状态，要等它算完，估计得几十分钟，最后在源文件夹里输出PDB文件 提交次数取决于需要拟合的pdb的个数 提交完pdb后，跳出如图窗口，需要新建个连接文件，后缀为cnd 打开cnd文件，比如有3个pdb要连接 第一行表示第一个pdb的尾部，用0 0 代表，去连接第二个pdb的头部，用1 1代表 第二行表示第二个pdb的尾部，用0 0 代表，去连接第三个pdb的头部，用1 1代表 最后得到曲线和以PDB格式自动保存的拟合图。 * 点击fit2d.exe，将会出现图形界面窗口和DOS界面窗口。 DOS界面显示实时运行数据，程序运行过程中不能关掉。 点击 I ACCEPT 点击X-DIMENSION,第一二行均改为2048 或其它数值以使图像能满幅显示为准,三四行默认，确认后点OK. 点击SAXS/GISAXS 点击INPUT 点击UP DIR，再点相应的盘符和路径，直至找到数据文件目录。 单击选定后缀为mccd或者tif的文件 如果选的图像显示范围为2048，则点击选 中样品后会出现此窗口，然后点击OK 点击ZOOM-IN 用鼠标围绕图像画个方 框，然后左击鼠标即可 放大方框内图像。 点击Z-SCALING 连续点击-MAXIMUM调整 图像亮度及对比度并放 大图像直至图像粉红色 内环超过beamstop（黑色矩形）. 接下来确定光斑中心，点击EXIT后，再点击BEAMCENTRE 点击CIRCLE COORDINATES 用鼠标沿粉红角 内环画4~10个点 然后点此黄色区域确定 自动显示出BEAM CENTER 具体的BEAM CENTER坐标在DOS中显示 点击FULL,使图像满屏，再点cake，使用扇形积分 在接下来的界面中点右下角的NO CHANGE后，需要在界面依次点4个点，完成积分过程。其中第三个点较关键，需要点在夹角的白色区域内，同时不能碰到beamstop. 再点INTEGRATE,去选定参数 1 2 3 4 出现新界面的第一行和第二行都改为79，第三行样品到探测器之间的距离为1640，第四行波长1.54A，第五六行是BEAM CENTER,最后两行默认一般选0 改后如图，点击OK 新出现的界面中，第一二行角度范围65~115，三四行内径和外径50~1280，第五行选Q-SPACE,第七行为得到数据一定选1，第八行是点数（行数），其他默认。除了第七行为1，其他的可以根据结果图调至满意值。但这页参数，要保证蛋白样品和buffer一样。 尽