实战NCBI.ppt

一、NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介 1988年，美国的参议员 Claude Pepper 已意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。NCBI是国立医学图书馆（NLM）的一个分支。 NCBI的使命： 1.建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统。 2.实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的先进方法的研究。 3.加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 4.全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 NCBI通过下面的计划来实现它的四项目的： 1.基本研究：NCBI有一个多学科的研究小组，集中于计算分子生物学的基本的和应用的研究。 2.数据库和软件。 3.教育和训练 NCBI特点： 1.收集的杂志全，水平高，数据和结论可靠； 2.基因的序列集合了众多的研究结果，数据可靠，且没有印刷、书写错误； 3.基因序列与发表的论文结合，集合了与某种疾病相关的基因情况，权威性高。 杂志文献通过PubMed获得，PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在Medline上的所有杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。 PubMed也可以查询基因序列等信息。 Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构，和参考文献的能力。（略） BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。（受网速的影响较大） OMIM（孟德尔人类遗传）总结介绍这个基因的名字及研究历史，对于了解该基因有总括性的作用。建议找到目标基因后，点击该基因的OMIM去看看。 其他有关功能，在查询过程中介绍。下面我们从基因查询（p16、CDKN2A）开始。 LocusLink：功能非常强大的搜索工具。NCBI所有的基因基本都连到了LocusLink。可以直接用基因的名字来检索。在Org一栏显示不同的organism，Hs是人，Mm是老鼠，Rn是大鼠等等。在每个基因名字的后面有一些彩色的小字母，那是代表不同的连接。 P是PubMed，连接着PubMed里面以这 个基因名做主题词检索的所有文献。 O是OMIM，总结介绍这个基因的名字 及研究历史，对于了解该基因有总括 性的作用。 R是Refseq，是该基因的序列。 G是Genbank，连着该基因的Genbank信 息，有关该基因的序列。 P 是Protein，连接到该基因的蛋白序列。 H是HomoloGene，连接到该基因的所有 同源基因。 U是UniGene，解释该基因主要功能相关 的分类。 V是Variation，可以找到该基因的SNP信 息。 *当我们初次进行某种疾病的分子生物学研究时，常常会因为不知道这种疾病与什么基因相关联，检索工作不知从何而起，而无法确定研究的方向。这时，LocusLink功能将给予你很大的帮助。 LocusLink可以用疾病做主题词来搜索，比如diabetes。你可以找到几乎NCBI里报道过的与diabetes有关的基因，包括相关的signal pathway以及主要起作用的基因，对于了解diabetes领域的研究有提纲挈领的作用。 LocusLink还可以查询基因的外显子、内含子等序列信息。 点击左边的“LocusLink” BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST还可用于PCR引物设计后的查询。 四、常见数据库简介 Sciencedirect（SD） Ovid： Interscience： Cancer Username：wnmcgs Password： wnmcgs wnmc03gs／ wnmc03gs 其他常见数据库简介： Nature* 、Cell、Sc