GenBank中花生栽培种基因组DNA及EST序列的SNP分析.pdf

花 生 学 报 2010，39(2)：21～23 JournalofPeanutScience，Vo1．39，No．2，2010 文章编号 ：1002—4093(2010)02—0021—03 GenBank中花生栽培种基因组DNA及EST序列的SNP分析 唐月异 ，张建成 ，王秀贞 ，崔凤高 ，王传堂 ¨ (1．山东省花生研究所，山东 青岛 266100；2．中国海洋大学 ，山东 青岛 266003) 摘要：下载GenBank数据库中已公布的花生栽培种基因组 DNA序列 1718条及 EST序列85797 条，利用 DNAStar软件进行叠连群构建，基因组 DNA序列构建叠连群 161个，长度共计 152 940bp，直接鉴定出候选SNP位点 5496个 ，SNP平均出现频率为3．59 ；EST序列构建 10990个 叠连群 ，长度共计p，由三条及三条序列以上构成的叠连群的总长度为 6524329bp，发 现候选SNP位点 307179个，SNP平均出现频率为4．71 。 关键词 ：花生 ；SNP；频率 ；GenBank 中图分类号 ：$565．2Q755 文献标识码 ：A SNPDiscoveryinGenomicDNASequencesandESTsofA ·hypogaeaL．from GenBank TANG Yue—yi。，ZHANG Jian—cheng，WANG Xiu—zhen ，CUIFeng-gao ，WANG Chuan—tang ，。 (，1．ShandongPeanutResearchInsititute，Qingdao266100，China 2．OceanUniversityofChina，Qingdao266003，China) Abstract：Inthisresearch．1718genomicDNA sequencesand85797ESTsofAraehishypogaea L．downloadedfrom GanBankinNCB1wereanalyzedforSNP discovery．161contigswereassembled from thegenomicDNA sequencesbyDNAStar，andthelengthofthetotaleontigswas152 94Obp， from which 5496candidateSNPswereidentifieddirectly，andtheaveragefrequencyofSNPswas 3．59 ．10990contigswereassembledfrom theESTs，andthelengthofthetotalcontigswas10477 241bp．Thelengthofthetota1contigswith~3ESTswas6524329bp．fromwhich307179candidate SNPswereidentifieddirectly，andtheaveragefrequencyofSNPswas4．71 ． Keywords：peanut9·SNP：frequency：GenBank 花生是 白花授粉植物 ，四倍体栽培种与其近 SSR标记的数量极其有限，满足不了基 因组精细 缘二倍体野生种间的倍性差异 以及栽培种与远缘 作图的需要。 野生种的杂交不亲和性 ，严重阻碍 了它们之间的 SNP(SingleNueleotidePolymorphism)是分 基因交流，加之育种工作者对为数不多的核心亲 布最广泛、存在数量最多且标记密度最高的一种 本的广泛应用 ，导致花生栽培品种的遗传基础异 遗传多样性标记 ，易于快速且高通量地进行基因 常狭窄。鉴于花生栽培品种形态学、细胞学及生 分型，被称为第三代分子标记。SNP的检测既可 化标记十分贫乏，近年来 ，在花生栽培品种上开展 用DNA芯片进行高通量 自动化操作[3]，又能用 了多种 DNA分子标记研究，结果表明，RFLP标 低成本的简单的 PCR方