sequin使用.doc

Sequin3.0是NCBI为了方便各国参与测序工作的分子生物学研究人员将序列输入到由Genbank，EMBL，DDBJ联合组成的国际协作核酸序列数据库 (International Nucleotide Sequence Database Collaboration)而设计的一个客户端软件，使用户可以不需要上网就能够实现序列输入，格式的定制，和在序列数据库中的注册、修改、更新。与其他的输入方法，如NCBI提供的另外一种在线序列注册工具Bankit相比，Sequin提供许多自动处理功能对序列进行格式定制，避免了手工输入的麻烦和格式不统一，并且，在大量相关数据输入时，Sequin可以方便的直接根据各个序列前的数据行读入各个序列的注释信息。Sequin3.0是该程序的最新版本，与上一个版本2.9相比，3.0修改了程序的网络配置功能，解决了位于防火墙后的一些用户无法用该程序联网的问题。另外对在2.9版本中发现的一些小的BUG也作了修正。 该程序具体的序列输入操作包括简单模式和复杂模式两种：一．简单模式：打开Sequin3.0可进入如下开始界面，然后选择了需要进行数据注入的数据库后就可以开始序列输入，对各个数据库序列输入的过程中信息填写都是一样的，只是最终生成的数据格式互不相同。 序列的具体输入过程是下面几个界面，按照要求填写即可： 这一页是填写序列引用信息，包括文章（稿件）名，通讯作者联系方式，前三个作者列表，和作者所属机构。 这一页是选择所注入的序列的格式，程序会根据不通格式直接自动读入生成一些序列注释信息。 最后这页是输入序列，在上一页中选择不通格式，页面会有所不同，主要是表明序列的来源，包括来源物种的种属名，菌株号或克隆系列号等，对多序列还要进行注释，输入序列时是使用FASTA格式进行导入，即将各序列按照如下的FASTA格式加上序列头信息后保存成文本格式的文件再导入到Sequin中。核酸：ID [org=scientific name] [strain=name][clone=name] title蛋白：ID [gene=symbol] [prot=name] title这样就完成了序列的简单输入，进入到以下的提交界面：这时可以利用程序提供的自动检查功能（Search菜单中的Validate命令）对输入的序列格式进行检查，之后向数据库提交可以通过三种方式：1．用File菜单中的Prepare submission将输入的序列及注册信息合成为提交文件，之后再用Email发给各个数据库的收件信箱Genbank: gb-sub@EMBL: datasub@ebi.ac.ukDDBJ: ddbjsub@ddbj.nig.ac.jp2．用File菜单中Submit to NCBI来发送。3．直接点击界面上部的按钮。二．在这个界面中也可以按照利用Sequin提供的各种工具对提交的序列及注释信息作进一步的修改，之后再作提交。其主要的工具有：利用Search菜单中的ORF Finder搜索序列中潜在的编码区；利用Vector Screen去除序列中的可能存在载体序列；Repeat Finder搜寻序列中重复序列。以及对序列的注释信息的搜索编辑。在进行了以上的分析后可以利用Annote菜单中的各个选项对序列的序列的注释信息进行详细的编辑，包括注释序列中各种位点，片断，以及整个序列的详细来源等，并可在注释中标出序列的各种特征序列，即纹基（motif）。另外还可在文章发表后在对序列的发表信息作进一步的修改。Sequin还提供了对序列进行编辑的窗口，在该窗口中也可以对序列进行适当的分析和转译，并能将其他相关序列导入进行序列对准比较，找出具有同源性的区段三．Sequin的其他功能。处理专业的提供对各序列数据库的序列输入功能外，Sequin也结合其NCBI的ENTREZ搜索引擎和BLAST搜索引擎，提供了对NCBI的其他数据库的检索和同源性比较的程序，通过开始界面上或提交界面上的的Misc菜单即可进入右边的ENTREZ界面，利用这一界面可以方便的对Genbank中的MEDLINE文献数据库，核酸序列，蛋白序列，蛋白三维结构和基因组序列数据库进行检索而不需要到NCBI的网站。检索方法和在NCBI网站一样，十分简单易用。检索得到的文献和序列结果可直接保存成文本，而蛋白三维结构则可以利用NCBI提供的另外一个软件Cn3D来观看。（关于Cn3D的介绍另有其文，这里就不在赘述）而通过提交界面的Search菜单中的Power BLAST命令可以进入到以下的BLAST同源性比较搜索界面：该程序提供了四种检索程序，包括对核酸序列搜索的blastn，tblastn和对蛋白序列搜索的blastp，blastx。并根据需要