生物信息学数据库 - 信息检索与利用- 复旦大学.pptVIP

* 复旦大学图书馆文献检索教研室 IntroPro 在domain的水平上对未知的序列进行注释 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 未知功能蛋白质序列 MASVSFEQVTKQFDDYVAVNNLNLEIEDGEFLVFVGPSGCGKTTSLRLLAGLETVSQGQICIGDRRVNEL SPKDRDIAMVFQSYALYPHMSVYENMAFSLDLQGKPKEEIRQRVCSAAELLGIEKLLHRKPKELSGGQRQ RVAVGRAIVRKPSVFLMDEPLSNLDAMLRVQARKEISKLHSDLATTFIYVTHDQVEAMTMGDRIAVMKDG ILQQVDSPANLYNQPANLFVAGFIGSPAMNFFQVERLSQEGKEKLSLDGVVLPMPDSVAKNGDRPLTLGI RPENIYHPQYLPLEIEPMELPATVNLVEMMGNELIVYAQTPAGTEFVARIDPRVNIKQKDSVKFVVDTQR FYYFDREMETAIF * 复旦大学图书馆文献检索教研室 http://www.ebi.ac.uk/interpro/index.html * 复旦大学图书馆文献检索教研室 进入interpro蛋白质功能预测数据库 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 选择InterProScan 在输入框中输入待测序列 输入待测基因序列 选择蛋白质特征库 选择基因 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 等待结果 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 选择匹配记录 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 蛋白质特征数据库中数据获取 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 功能描述 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 OMIM检索Keratoderma palmoplantar 染色体位点 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 OMIM检出结果 相关基因类型及位点 Gene Map * 复旦大学图书馆文献检索教研室 6.网络版图书 内容目录 全文 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 （三） 蛋白质结构预测 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 蛋白质预测的常用途径 1. 从氨基酸组成辨识蛋白质 2. 预测蛋白质的物理性质 3. 蛋白质二级结构预测 4. 其它特殊局部结构 5. 蛋白质的三维结构 1. 从氨基酸组成辨识蛋白质的程序 1.1 ExPASy工具包 http://www.expasy.ch/tools/ 1.2 PROPSEARC http://www.embl-heidelberg.de/prs.html / 2. 预测蛋白质的物理性质 2.2 ExPASy：http://www.expasy.ch/tools/ 2.3 http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html 3. 蛋白质二级结构预测 3.1 nnPredict：/~nomi/nnpredict.html 3.2 PredictProtein： /predictprotein/ PredictProtein的国内镜像在：/predictprotein/ 3.3 SOPMA：http://pbil.ibcp.fr 4. 其它特殊局部结构 4.1 COILS：/software/COILS_form.html。 4.2 TMpred：/software/TMPRED_form.html。 4.3 SignalP：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ * 复旦大学图书馆文献检索教研室 蛋白质的三维结构 7.5.1 SWISS-MODEL：http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html 7.5.2 CPHmodels：http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/ * 复旦大学图书馆文献检索教研室 蛋白质预测的成功范例 色氨酸笼 trp-cage nlyiqwlkdg gpssgrppps 由20个氨基酸构成，是华盛顿大学的Jonathan Neidigh制造的人造蛋白。 大部分小分子短链结构比较松散，这种蛋白质却像大分子蛋白质一样，具有紧凑、明确的结构。 Simmerling等人利用电脑模拟技术，根据一种蛋白质的基因编码，准确地预测了它是怎样折叠成三维结构的。预测结果，几乎完全符合华盛顿大学研究小组利用核磁共振技术测量出的这种“迷你”蛋白的形状。 * 复旦大学图书馆文献检索教研室 色氨酸笼—— 氨基酸序列：nlyiqwlkdg gpssgr