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实习八 系统发育树构建：MEGA 西北农林科技大学生物信息学中心 2014.11 实习目的 : 1. 了解MEGA可以实现的主要进化分析 2. 学会使用MEGA进行多序列比对、确定最优模型并构建系统发育树 实习内容： MEGA （Molecular Evolutionary Genetics Analysis ）是一个运用广泛的进化分析综合软件，1993 年首次发布，新版本的MEGA6 推出一年多以来，就已经被引用超过700 次，MEGA5 （2011 年）的 引用至今有近16700 次，MEGA4 （2007 年）引用近23900 次。软件的主要功能包括序列比对、确定 最优替换模型、构建系统发育树、计算进化距离、估计分子进化速率、估计分化时间、推算祖先序列、 计算选择压、在线搜索，系统发育树编辑等。适用不同操作系统的软件可以通过 /index.php 下载，按照默认设置轻松安装。本次实习我们用未经比对的一 组序列学习使用MEGA 构建系统发育树。 尽管有大量的进化分析软件可供选择，但进化分析的一个核心观念是：决定分析结果好坏的不是 软件或分析方法的选择，而是所分析序列的质量：序列的插入缺失，序列的有信息位点的多少等。举 例来说，并不是相似度越高的序列越好，相反，相似度高的序列具有的反映序列差异的信息位点较少， 而可能不利于准确地判断两两序列间的关系。 1.1 序列格式 MEGA 能识别多种序列格式（Figure 1），可以在类似文本编辑器的窗口编辑并转换序列格式。由 于MEGA 有内嵌的序列比对功能，因此最常用的格式为FASTA ，如果是比对后的序列，可以是FASTA 或PHYLIP 。MEGA 在进行分析时需要使用自己的文件格式 MEG （.meg）和 MAS （.mas），其他格 式的数据MEGA 会提示转换。其中MEG 格式为ASCII 编码，可以通过文本编辑器查看（Figure 2 ）， 而MAS 是二进制数据，文本编辑器不能查看。此外MEGA 还可以查看和编辑Newick （.nwk）格式 的树形文件，软件自己的树形文件格式为MTS （.mts）。使用MEGA 时，建议1）FASTA 格式数据“ ” 一行字符数最好少一些，因为MEGA 对字符数没有限制，会全部读取，如果字符数太多，在构建好 的系统发育树图中，序列名将占据太多地方，2 ）给输入文件正确的后缀名，这样软件能容易找到需 要的文件（只要确定文件内容格式是正确的，后缀名可以手动添加）。 Figure 1 Align 能识别的文件格式 Figure 2 MEG(.meg)格式的序列文件 1.2 多序列比对 打开MEGA （Figure 3 ），上方工具栏为软件所有的进化分析工具，页面底部可以打开教程、示例 文件、设置等链接。 Figure 3 MEGA 主界面窗口 点击Align—Edit/Build Alignment ，得到弹窗（Figure 4 ），三个选择依次为创建新的比对、打开 已有的比对和从文件导入序列，选择“Retrieve sequence from a file ”，表示从文件导入序列，找到示 例文件“nucleotide_p53.fasta ”，打开，得到Align 窗口（Figure 5 ）。如果选择创建新的比对“Create a new alignment ”,将会先得到Align 窗口，然后从Align 窗口的“Data ”选项导入序列。 Figure 4 创建序列比对 Figure 5 Alignment 窗口 Figure 6 MUSCLE 参数设置 首先在“Edit ”选项下通过“Select All”选中所有序列吗，然后从Align 窗口的工具栏选择使用 ClustalW （ ）或者 MUSCLE （ ）进行多序列比对，也可以通过“Alignment ”选项选择比