玉米dcl1基因鉴定及其自然等位变异分析-玉米科学.pdfVIP

玉 米 科 学2015，23(1)：17～25 JournalofMaizeSciences 文章编号：1005-0906(2015)01-0017-09 玉米DCL1基因鉴定及其自然等位变异分析 1 1 1，2 1，3 1 徐东东 ，赵永平 ，王建海 ，周 强 ，谢传晓 (1.中国农业科学院作物科学研究所/农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程，北京 100081； 2.四川农业大学，成都 611130；3.安徽农业大学，合肥 230031) 摘 要：根据生物信息学分析，同源性克隆分离玉米DCL1候选基因，鉴定该基因组织与逆境响应等表达特 征，并分析其自然等位变异。结果表明，目标候选基因全长7408bp，与拟南芥和水稻DCL1基因氨基酸序列高度保 守，相似度分别为91%和77%。mRNA定量PCR分析表明，该基因在幼叶和吐丝期雌穗中表达丰度分别是幼茎的 75.35倍和16.21倍；高盐、脱水、ABA、低氮、低磷胁迫处理条件下，幼苗中高盐和ABA处理呈下调表达，低氮和低磷 处理呈显著上调表达，脱水处理无显著变化。核苷酸与氨基酸序列的保守性、组织与逆境响应差异表达特征均与拟 南芥和水稻等相似。87份玉米自交系10×全基因重测序数据分析结果表明，该基因遗传变异丰富，共83个位点存 在自然变异，但外显子区域和主要的功能结构域序列相对保守，约2/3的自然变异集中在内含子区域，外显子区域 的27个自然变异位点只有8个位点在16个材料存在氨基酸差异。 关键词：玉米；DCL1基因；基因结构；功能域；重测序；自然等位变异 中图分类号：S513.035.3 文献标识码：A IdentificationofMaizeDCL1GeneandAnalysisofIts’NaturalAlleles 1 1 1,2 1,3 1 XUDong-dong,ZHAOYong-ping,WANGJian-hai ,ZHOUQiang ,XIEChuan-xiao (1.InstituteofCropScience,ChineseAcademyofAgriculturalSciences, NationalKeyFacilityforCropGeneResourcesandGeneticImprovement,Beijing 100081； 2.SichuanAgriculturalUniversity,Chengdu611130;3.AnhuiAgriculturalUniversity,Hefei 230031,China) Abstract:ThecandidategeneformaizeDCL1wasisolatedbasedonbioinformaticsanalysisandcharacterized itsexpressionacrossthedifferenttissuesofmaizeandinresponsetovariousabioticstressesviareal-timequantita⁃ tivePCR(qRT-PCR)andidentifieditsnaturalvariationbasedonresequencingamongthediverselines.Themaize DCL1candidategenewas7408 bp.Theaminoacidsequenceofitwas 91%and77%conservedwithArabidopsis andriceDCL1protein,respectively.QRT-PCRresultsindicated ZmDCL1 geneexpressedinleavesatseedling stageandears