gromacs命令.doc

1 Generating topologies and coordinates 生成拓扑和坐标文件 1-1 pdb2gmx PDB文件转换到拓扑文件(.top)和坐标文件(.gro) 1-2 g_x2top 从坐标文件(.gro)生成一个原始拓扑文件(.top) 1-3 editconf 编辑盒子及写入子组（subgroups） 1-4 genbox 体系溶剂化 1-5 genion 加入抗衡离子 1-6 genconf 增加一个随机方向的构象 1-7 genrestr 生成索引组的位置限制或距离限制 1-8 g_protonate 质子化结构？？？？ 2 Running a simulation 模拟运行 2-1 grompp 生成一个运行输入文件 2-2 tpbconv 从一个停止的运行生成一个重新运行的输入文件 2-3 mdrun 执行模拟、正态分析及能量最小化 3 Viewing trajectories 轨迹查看 3-1 ngmx 显示一条轨迹 3-2 g_highway X Window System小工具，用于highway模拟 3-3 g_nmtraj 从一个本征矢量eigenvector生成一个虚拟轨迹 4 Processing energies 能量处理 4-1 g_energy 将能量写入xvg文件并显示平均值 4-2 g_enemat 从能量文件中提取能量矩阵 4-3 mdrun -rerun（重新）计算轨迹帧的能量 5 Converting files 文件转换 5-1 editconf 转换和编辑结构文件 5-2 trjconv 转换和编辑轨迹文件 5-3 trjcat 连接轨迹文件 5-4 eneconv 转换能量文件 5-5 xpm2ps 5-6 g_sigeps 6 Tools 工具 6-1 make_ndx 制作索引文件 6-2 mk_angndx 生成索引文件，用于g_ angle 6-3 gmxcheck 检查并比较文件 6-4 gmxdump 生成人可读的二进制文件 6-5 g_traj 从轨迹文件中绘制选定的原子或组的x、v、f 6-5 g_analyze 分析数据集 6-6 trjorder 根据与一个组的距离定义分子序数 6-7 g_filter 轨迹频率过滤，制平滑的动画 6-8 g_lie 线性拟合自由能评估 6-9 g_dyndom 内插和外推结构旋转 6-10 g_morph 线性内插构象 6-11 g_wham 伞形抽样后加权直方分析 6-12 xpm2ps convert XPM (XPixelMap) file to postscript 6-13 g_sham 读/写xmgr和xvgr数据集 6-14 g_spatial 计算空间分布函数 6-15 g_select selects groups of atoms based on flexible textual selections 6-16 g_tune_pme time mdrun as a function of PME nodes to optimize settings 7 Distances between structures 结构间的差距 7-1 g_rms 计算与参考结构之间的均方根偏差及其矩阵 7-2 g_confrms 叠合两个结构，并计算其rmsd 7-3 g_cluster 团簇结构 7-4 g_rmsf 计算原子波动值 8 Distances in structures over time 随时间变化，结构间差距 8-1 g_mindist 计算两组间的最小距离 8-2 g_dist 计算两组之间的质量中心的距离 8-3 g_bond 计算原子间的距离 8-4 g_mdmat 计算残留联系地图contact maps 8-5 g_polystat 计算聚合物的静态属性 8-6 g_rmsdist calculates atom pair distances averaged with power -2, -3 or -6 9 Mass distribution properties over time 随时间变化，质量分布性质 9-1 g_traj plots x, v, f, box, temperature and rotational e