并行编程环境设置和注意事项.doc

并行编程环境设置和注意事项 远程登陆服务器 请同学们使用服务器分配的原始密码通过SSH工具登陆到实验集群的登陆节点： 202.38.192.99，然后使用命令passwd对初始密码进行修改。PS：Linux下密码不可见。 接着在自己的账号下使用命令mkdir命令建立2个目录：OpenMP，MPI用来存放不同实验数据和文档。 跳转计算节点 本次实验除了LC的登陆头节点（202.38.192.99）还有4个计算节点，分别是 C0-0,c0-1,c0-2,c0-3。 使用命令ssh可以从当前节点转到计算节点,例如ssh c0-1则可从当前节点转到计算节 点c0-1,其他如此类推。MPI实验在登陆节点上运行程序一定要加-nolocal或者-machinefile参数，禁止使用登陆节点计算。 设置编译环境 使用命令vi ~/.bash_profile设置环境变量,添加路径如下文,然后使用. ~/.bash_profile（注 意～前有个点+空格）使设置生效,整个操作过程如下: [lp.zh@bl6000 ~]$ vi ~/.bash_profile # .bash_profile # Get the aliases and functions if [ -f ~/.bashrc ]; then . ~/.bashrc fi # User specific environment and startup programs PATH=/opt/mpich-1.2.7pl/bin:/opt/intel/Compiler/11.0/069/bin/ia32:$PATH:$HOME/bin:/usr/sbin LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib:opt/mpich-1.2.7pl/lib/:/opt/intel/Compiler/11.0/069/lib/ia32 export PATH export LD_LIBRARY_PATH unset USERNAME [lp.zh@bl6000 ~]$. ~/.bash_profile 然后使用which mpirun命令检测路径,如果屏幕显示/opt/mpich/gnu/bin/mpirun表明设置成功。如下所示： [lp.zh@bl6000～]# which mpirun /opt/mpich-1.2.7pl/bin/mpirun 清除异常进程 请明确你的程序在哪个节点上运行，万一出现问题你必须停止（kill）该节点上的 程序进程。请不定时对你所在的节点进行查询，以观测你的进程是否还在上面正常运行，命令如下（使用自己的用户名取代username）：ps -aux | grep username 另外，对出现问题的进程必须停止，命令如下（pid为进程号）： kill -9 pid 清除异常信号量 可以使用 ipcs -a命令检查是否存在大量残留信号量。运行MPICH安装目录下的清理程序。路径在/opt/mpich/gnu/clean/cleanipcs。需要清理frontend和计算节点的。 编译运行OpenMP程序 以OpenMP实验附录的程序Helloworld.c为例: [lp.zh@bl6000 OpenMp]$ icc -openmp -o Helloworld Helloworld.c Helloworld.c(10) : (col. 1) remark: OpenMP DEFINED REGION WAS PARALLELIZED. [lp.zh@compute-0-1 OpenMp]$ ./Helloworld Hello, world from OMP thread0 Number of threads 2 Hello, world from OMP thread1 编译运行MPI程序 编译：mpicc src.c 或者mpicxx src.cpp 默认用gcc作为编译器，一般mpicc –O2 可获得不错的优化后的程序 运行：mpirun [参数] [执行文件] -nolocal参数，不要在frontend上执行计算任务。 -np 参数，指定进程数目 -machinefile参数 ,指定机器,推荐使用该参数,可以避免信号传输过程中的一些错误。 默认使用/opt/mpich-1.2.7pl/bin Mpirun –machinefile myfile，其中myfile指定自己想要按顺序执行的机器目录，格式为： compute-0-6.local compute-0-7.local compute-0-1.local 。。。 顺序可以自由设置,若不使用，mpich将机械地从头(节点