人类新基因的计算机识别、实验验证与功能基因组研讨.pdfVIP

ScienceResearch ·117· 生命科学研究Life 人类新基因的计算机识别、实验验证与 功能基因组研究 · 张德礼1，季梁1，马大龙2，李衍达1 (1．清华大学生物信息学研究所生物信息学教育部重点实验室， 清华大学信息科学技术学院智能技术与系统国家重点实验室，北京100084； 2．北京大学人类疾病基因研究中心，北京100083) [摘 要]本研究旨在采用计算机识别法发现具有自主知识产权和重要功能的人类新基因并经实 2)全自动 验初步证实。采用的具体技术路线如下：1)在公共数据库选择感兴趣的EST或cDNA 化运行SiClone软件进行EST装配；3)在nr数据库通过比对筛选全新的cDNAcontig；4)所筛 新cDNA contig的人工拼结和校对；5)ORF及其侧翼区的分析；6)编码蛋白结构与功能，特别是 cDNA这3类cDNA为基础， 腺表达cDNA以及在神威一IV超级计算机上拼接的6万余条Contig 均识别到人类新基因。计算机识别到的800余个编码小分子肽类人类新基因，具有典型基因特点 和一定功能结构域，其中23个基因被GenBank接受并被国际人类基因组组织(HUGO)基因命名 委员会批准使用了标准化的基因命名符号。首批选择16个人类新基因用RT—PCR实验和cDNA 测序验证，结果均获得预期序列，其中半数基因是具有特定重要功能结构域的基因。特别是3个 基因识别软件的开发可能具有重要的理论意义。所荻新的人类细胞增殖与分化相关癌基因及转录 物mRNA长2405bp，经NorthernBlotting证实全长3000bp多。该基因0RF位于1742～2326 bp，上游同一相位第6密码子为终止码TGA，并且前面还有多个终止码，下游有加尾信号 AATAAA和PolyA尾。该基因ORF起始码上游1714bp基因组DNA序列，在517～567，561～ domain 基酸信号肽的194氨基酸残基核蛋白区段上有上皮细胞生长因子样结构域标签(EGF-like gene)紧密连锁。将C30ff6基因 signature)，与浸润性B淋巴瘤基因(BAL：Baggressivelymphoma 该区段(194氨基酸肽段)真核重组质粒注射入7～8周龄雄性Balb／e小鼠(体重约25克)后腿横纹 肌后14 d，发现病理组织学观察具有明显的脾脏与淋巴结淋巴细胞反应性增生，主要是大量T淋 巴细胞，B淋巴细胞与巨噬细胞增生；在胸腺皮质，胸腺细胞增多；在肺支气管粘膜下，淋巴细胞 和白细胞增多；在小肠粘膜下，襻氏小体分泌旺盛，分泌颗粒增多。29只7～8周龄雄性Balb／e小 鼠(体重约25g)，只有3只注射含该区段C30rf6基因的真核重组质粒，20只注射可能使脾脏与淋 4、鼠注射空载体质 巴结免疫细胞产生增生反应的其它基因真核重组质粒，6只阴性对照组Balb／c 粒或生理盐水。结果发现，注射C30r{6基因真核重组质粒的3只小鼠全部出现强烈一致的脾脏与 淋巴结免疫细胞增生反应，与阴性对照组小鼠相比显示了明显的差异；20只阳性对照4、鼠出现程 度不同的同类脾脏与淋巴结免疫细胞增生反应。由此提示C30rf6可能与细胞因子肿瘤免疫有关， 说明该基因片段的预测功能与动物实验测定功能基本一致。斑马鱼体内实验研究结果证实， SPRYDl明显是与神经发育有关的细胞增殖与分化相关基因。细胞内反义技术实验研究结果表 明，RABL3可能是有抑制凋亡作用的原癌基因。 ScienceResearch 生命科学研究Life