卤化酶阳性链霉菌Streptomyces sp. FJS31-2 次级代谢潜力评估.docVIP

精品论文 参考文献 卤化酶阳性链霉菌Streptomyces sp. FJS31-2 次级代谢潜力评估 吕玉红 保玉心 李园园 李晓倩 王荫荫 王苗 邵美云 岳昌武（通讯作者） 黄英（通讯作者） 　　(遵义医学院 贵州省微生物资源及药物开发特色重点实验室 贵州 遵义 563003) 　　【摘要】 利用第二代技术对分离自贵州梵净山的链霉菌分离菌株Streptomyces sp.FJS31-2进行基因组测序，测序结果组装后利用相应生物信息学软件进行分析，预测其次级代谢产物生物合成基因簇，为相应产物的开发提供了理论依据和物质基础。 　　【关键词】 链霉菌；基因组测序；基因簇；次级代谢 　　【中图分类号】R31 【文献标识码】A 【文章编号】2095-1752（2015）29-0050-03 　　1.前言 　　链霉菌来源的卤化天然产物是抗生素的重要来源，美国FDA在2014年新批准上市了4种新抗生素，其中3种为卤化产物（Dalvance 和Orbactiv为氯化产物、Sivextro为氟化物）[1-3]。 　　链霉菌来源卤化物生物合成基因簇克隆、解析可为卤化产物的基因组资源挖掘、卤化天然产物的发现提供参考[4]。大量的链霉菌基因组分析结果表明，链霉菌至少具备编码20个次级代谢产物的能力。对链霉菌基因组进行扫描，可以快速的获得链霉菌编码次级代谢产物潜力信息，为次级代谢产物的开发利用提供最直接的理论依据，正为越来越多链霉菌天然产物开发者所采用[5,6]。 　　典型生境链霉菌可能是新抗生素重要来源，梵净山地区生态环境的独特性和原始性为人们获得新的抗生素产生菌提供了良好的条件[7]。本文以课题组分离的1株梵净山来源卤化酶基因阳性链霉菌为研究对象，对其基因组测序。在分析其次级代谢潜力的基础上，着重分析其卤化天然产物的产生潜力，为天然产物的开发等后续的研究提供第一手的信息。 　　2.材料与方法 　　2.1 实验菌株 　　链霉菌Streptomyces sp.FJS31-2分离自贵州梵净山海拔1000m土壤样品，其次级代谢相关基因筛选为卤化酶、非核糖体肽合成酶、I型聚酮合酶和II型聚酮合酶阳性，III型聚酮合酶阴性。菌株发酵产物具有抗枯草芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌及白色念珠菌等测试菌活性。 　　2.2 链霉菌基因组测序策略 　　采取shotgun测序策略，利用用高通量Illumina测序技术对该样品的DNA进行paired-end测序，构建了500bp的文库，期望数据量为1000Mb。整个测序流程包括：基因组DNA获取、基因组DNA片段化及回收、测序文库构建、桥式PCR扩增、Illumina Hiseq 2000测序等。 　　2.3 链霉菌基因组测序原始结果处理[8] 　　基因组组装利用SOAP de novo v2.04 (/)拼接软件对优化序列进行多个Kmer参数的拼接，得到最优的组装结果。其次，运用GapCloser v1.12软件对组装结果进行局部内洞填充和碱基校正。测序产生的序列数据的信息分析流程的具体步骤包括：测序数据过滤、de novo组装及组装后的评价、基因预测 (ORFs)、基因功能的注释 (KEGG/COG)。 　　2.4 次级代谢基因簇分析[9] 　　利用在线预测工具antiSMASH (http://antiSMASH.)在线预测分析3株链霉菌可能包含的次级代谢基因簇。主要流程包括：大片段DNA序列系统进化谱相似性检测(Detecting smCOGs for contig)和基于大片段次级代谢蛋白功能相似性比对分析的次级代谢基因簇预测 (ClusterBlast analysis for contig)等步骤。按照基因簇结构基因与同源基因的氨基酸残基的最大相似性预测同源基因簇。 　　3.结果与分析 　　3.1 原始测序数据质控 　　S.sp.FJS31-2菌株的 Illumina Hiseq 2000原始数据的质控图（图1）表明该测序文库虽然GC含量极高，但是碱基测序质量良好，可用于后续分析。该文库碱基分布均匀，但是由于GC含量异常高，高于70%，导致Illumina测序平台的结果Reads的后端质量较差。 　　 　　图1.原始数据碱基质量分布 　　注：横坐标是reads碱基坐标，纵坐标是reads的碱基质量(Solexa Scale: 40=Highest，-15=Lowest)，图中垂直红线“Ⅰ”指定的范围是所有reads碱基的综合质量，红色垂直方块是质量的四分位值范围，加黑粗线是质量值的中位数 　　3.2 测序结果及次级代谢潜力预测分析 　　链霉菌S. sp. FJS31-2基因组全长约11.6 Mb，G