Pajek软件介绍与上机应用.pptx

Pajek在蛋白质相互作用网络上的简单应用俞鸿 上海生咨生物科技有限公司hyu@PAJEKhttp://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/大型复杂网络分析工具，是用于研究目前所存在的各种复杂非线性网络的有力工具。Pajek在Windows环境下运行，用于带上千乃至数百万个结点大型网络的分析和可视化操作。对于非商业用途免费推荐参考资料官方下载的Pajek Reference Manual网友翻译整理后的参考手册（百度文库）Pajek操作手册（百度文库）主要特点计算的快速性可视化抽象化处理大型网络的途径Pajek数据对象NPartitions.clu0102Pajek Project File.pajVectors.vecPermutations.per0603DataobjectsHierarchies.hieClusters.cls0504软件界面Networks － .net文件*Vertices 4 1 a 2 b 3 c 4 d *Arcs 1 2 2 3 4 3 *Edges 四个节点 a,b,c,d两条有向边一条从节点1指向节点2，权值为2，第二条表示从节点3指向节点4，权值为3若该边写在*Edges行下，则为无向边转换工具createpajek.exe － 将.xls文件转换成.net文件txt2pajek.exe－ 将text文件转换成.net文件最基本也是最重要的数据类型定义结点和边Partition - .clu文件各个节点的不同特性将其人为地分为若干个类*Vertices 4 1 1 2 3 3 2 4 1 Options-Colors-Partition Colors-for verticesVector – .vec文件每个节点的数字化定义上机练习1Twork.xls是来自于蛋白质相互作用实验的数据Net文件创建1.通过createpajek将excel表转换成为.net文件导入.net文件2. 用pajek打开生成的.net文件将子网络分成不同的Partitions采用Draw- Network + First Partition显示结果，不同的子网络就变成不同的partition, 用不同的颜色显示3. 根据不同的子网络分析不同的PartitionsNetwork-Create Partition-Components-WeakMinimum Size设为1网络排布和子网络提取4. 使用图形窗口Layout-Energy-Kamdam-Kawai-Separate Components 可分开子网络可用主窗口中的Operations-Network+Partition- Extract SubNetwork提取出子网络连接度计算和显示顶点随数值增大而增大5. 用 Network-Create Partition-Degree-All 计算连接度用Network-Create Vector-Centrality-Degree-All 计算连接度用Draw-Network+ First Vector显示根据连接度分层排列主窗口Network-Create Partition-Degree-All Draw-Network+ First Partition图形窗口Layers-In y direction导出计算结果Save as 进行保存6. 导出计算结果接近中心性(closeness centrality)节点vi 到网络中其他节点的平均最短距离:Create Vector-Centrality-Clossness-AllDraw-network+first vector通过计算节点与网络中其他所有节点的距离的平均值来消除特殊值的干扰.一个节点与网络中其他节点的平均距离越小, 该节点的接近中心性就越大.介数中心性(betweenness centrality)最短路径介数中心性(shortest path BC), 它认为网络中所有节点对的最短路径中(一般情况下一对节点之间存在多条最短路径), 经过一个节点的最短路径数越多, 这个节点就越重要. 介数中心性刻画了节点对网络中沿最短路径传输的网络流的控制力.Create Vector-Centrality-betweennessHITs 算法HITs 算法赋予每个节点两个度量值: 权威值(authorities)和枢纽值(hubs). 权威值衡量节点对信息的原创性, 枢纽值反映了节点在信息传播中的作用.Network-Create Vector-Centrality-Hubs-authorities Partition Clusters: 1 - Authority 2 - Authority and Hub