基于Android的代谢网络可视化和生化反应搜索的-计算机应用与软件.PDF

第３３卷第６期　　　 计算机应用与软件 Ｖｏｌ３３Ｎｏ．６ ２０１６年６月　　 ＣｏｍｐｕｔｅｒＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓａｎｄＳｏｆｔｗａｒｅ Ｊｕｎ．２０１６ 基于Ａｎｄｒｏｉｄ的代谢网络可视化和生化反应搜索的实现 １ １ １ ２ 张浩然　张兆祥　刘　娟 　胡黔楠 １（武汉大学计算机学院　湖北武汉４３００７２） ２（天津工业生物技术研究所　天津３００３０８） 摘　要　　代谢网络和生化反应代谢路径的研究是合成生物领域的重要内容，目前亟需相关计算机软件来辅助分析。针对这种情 况以及目前移动互联网发展趋势，开发了一种基于Ａｎｄｒｏｉｄ的代谢网络可视化和生化反应搜索引擎系统。该系统将Ａｎｄｒｏｉｄ作为展 示平台，显示代谢网络的三维模型，提供生化反应的搜索，这些都为生物合成和药物发现领域的研究人员提供了参考。系统用美观 的三维模型显示代谢网络，同时提供简单的便捷的操作界面供用户查询生化反应。 关键词　　Ａｎｄｒｏｉｄ系统　代谢网络　可视化　生化反应 中图分类号　ＴＰ３１１　　　　文献标识码　Ａ　　　　ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１０００３８６ｘ．２０１６．０６．０５４ ＩＭＰＬＥＭＥＮＴＡＴＩＯＮＯＦＡＮＤＲＯＩＤＢＡＳＥＤＭＥＴＡＢＯＬＩＣＮＥＴＷＯＲＫＳＶＩＳＵＡＬＩＳＡＴＩＯＮ ＡＮＤＢＩＯＣＨＥＭＩＣＡＬＲＥＡＣＴＩＯＮＳＥＡＲＣＨ １ １ １ ２ ＺｈａｎｇＨａｏｒａｎ　ＺｈａｎｇＺｈａｏｘｉａｎｇ　ＬｉｕＪｕａｎ 　ＨｕＱｉａｎｎａｎ １（ＳｃｈｏｏｌｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒ，ＷｕｈａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｗｕｈａｎ４３００７２，Ｈｕｂｅｉ，Ｃｈｉｎａ） ２（ＴｉａｎｊｉｎＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＩｎｄｕｓｔｒｉａｌＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｔｉａｎｊｉｎ３００３０８，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ　　Ｒｅｓｅａｒｃｈｏｎｍｅｔａｂｏｌｉｃｎｅｔｗｏｒｋｓａｎｄｍｅｔａｂｏｌｉｃｐａｔｈｗａｙｏｆｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｒｅａｃｔｉｏｎｉｓｉｍｐｏｒｔａｎｔｆｏｒｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，ａｎｄｔｈｅｒｅｌａｔｅｄ ｃｏｍｐｕｔｅｒｓｏｆｔｗａｒｅｉｓｕｒｇｅｎｔｌｙｎｅｅｄｅｄａｔｐｒｅｓｅｎｔｔｏｃａｒｒｙｏｕｔａｓｓｉｓｔａｎｔａｎａｌｙｓｉｓ．Ｉｎｌｉｇｈｔｏｆｔｈｉｓｓｉｔｕａｔｉｏｎａｎｄｂａｓｅｄｏｎｃｕｒｒｅｎｔｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｔｒｅｎｄ ｏｆｍｏｂｉｌｅＩｎｔｅｒｎｅｔ，ｗｅｄｅｖｅｌｏｐｅｄａｎＡｎｄｒｏｉｄｂａｓｅｄｓｙｓｔｅｍｆｏｒｍｅｔａｂｏｌｉｃｎｅｔｗｏｒｋｓｖｉｓｕａｌｉｓａｔｉｏｎａｎｄｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｒｅａｃｔｉｏｎｓｅａｒｃｈｅｎｇｉｎｅ．Ｔｈｅ ｓｙｓｔｅｍｒｅｇａｒｄｓｔｈｅＡｎｄｒｏｉｄａｓｔｈｅｄｉｓｐｌａｙｐｌａｔｆｏｒｍ，ｉｔｄｅｍｏｎｓｔｒａｔｅｓｔｈｅ３Ｄｍｏｄｅｌｏｆｍｅｔａｂｏｌｉｃｎｅｔｗｏｒｋｓａｎｄｐｒｏｖｉｄｅｓｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｒｅａｃｔｉｏｎ ｓｅａｒｃｈｅｓ，ｂｏｔｈｏｆｔｈｅｓｅｐｒｏｖｉｄｅｔｈｅｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓｆｏｒｒｅｓｅａｒｃｈｅｒｓｉｎｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓａｎｄｄｒｕｇｄｉｓｃｏｖｅｒｙｆｉｅｌｄｓ．Ｔｈｅｓｙｓｔｅｍｄｉｓｐｌａｙｓｔｈｅｍｅｔａｂｏｌｉｃ ｎｅｔｗｏｒｋｓｗｉｔｈｂｅａｕｔｉｆｕｌ３Ｄｍｏｄｅｌ，ａｎｄｍｅａｎｗｈｉｌｅｐｒｅｓｅｎｔｓｓｉｍｐｌｅａｎｄｃｏｎｖｅｎｉｅｎｔｏｐｅｒａｔｉｏｎｉｎｔｅｒｆａｃｅｆｏｒｕｓｅｒｓｔｏｓｅａｒｃｈｔｈｅ ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｒｅａｃｔｉｏｎｓ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ　　Ａｎｄｒｏｉｄｓｙｓｔｅｍ　Ｍｅｔａｂｏｌｉｃｎｅｔｗｏｒｋ　Ｖｉｓｕａｌｉｓａｔｉｏｎ　Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｒｅａｃｔｉｏｎ