RNA二级结构图亏格的动态生成计算法.pdfVIP

ComputerEngineeringandApplications计算机工程与应用 RNA二级结构图亏格的动态生成计算法 高世乐 ，王启钊 GAOShile． NGQizhao 1．华侨大学 信息管理与信息系统系，福建 泉州 362021 2．华侨大学 分子药物学研究所 ，福建 泉州 362021 1．DepartmentofInformationManagementSystem，HuaqiaoUniversity,Quanzhou，Fujian362021，China 2．InstituteofMolecularMedicine，HuaqiaoUniversity,Quanzhou，Fujian362021，China GAOShile，WANGQizhao．DynamicgenerationmethodforcalculatinggenusofRNAsecondarystructure graph．ComputerEngineeringandApplications，2012，48(11)：26-31． Abstract：AdynamicgenerationmethodispresentedbasedonarcgraphgrammarsofRivasandEddy(R＆E)RNA secondaryclasstocalculatethegenusofRNA secondarystructuregraph．Comparingwiththedeterminantmethod forcalculatinggenus，thepresentedmethodmainlyhastwoadvantages：thefirstoneistheimprovementoftheeffi— ciencyofgenuscalculation，thesecondoneisthegenerationofthemini—genusgraphsofRNA secondarystrucutres． Keywords：pseudoknots；RNA secondary sturcutres；topologicalclassification；genus 摘 要：基于Rivas和Eddy(RE)RNA二级结构类的图语法，提 出了一种计算RNA-~ 构图亏格的动态生 成算法。与已有的基于判定的亏格计算方法相比，该算法的优点主要有两点：一是提高了计算亏格的效率，二 是可以实现枚举小亏格RNA二级结构图。 关键词：假结；RNA二级结构；拓扑分类；亏格 文章编号：1002—8331(2012)11-0026—06 文献标识码：A 中图分类号：TP301．2；Q71；O157．6 l 简介 无能为力 ，因此需要计算亏格的新方法。本文基于 2008年 ，Bon等人提出了含假结RNA二级结构 RNA_~级结构弧图语法 。蛤 出计算弧图亏格的动态 图的拓扑分类法n1，该方法理论基础严密，以亏格作 生成算法，该方法对小亏格RNA枚举十分有效 ，并以 为对RNA~．级结构图进行分类的标准。亏格是一个 枚举亏格是 1的全部RNA-级结构图为例阐释该方 反映图形拓扑复杂性的正整数 ，计算RNA二级结构 法的使用。 图的亏格需要借助于二级结构图的费曼图，时间复 本文的算法既然是基于弧图语法 ，就要受到弧 杂度为o(n)。 图语法口。的制约，由于现阶段得到任意RNA分子的 Bon等人对wwPDB中的含假结RNA数据进行 弧图语法有很多困难p，因此本算法的适用范围是 分析后得到的重要结论之一是 ：“小亏格假结在复杂 RE-级结构类 】。RE类是 目前所知的最宽泛的 假结构成过程 中意义重大，绝大多数复杂假结都由 二级结构类，2004年Condon等人验证了数据库Pbase 小亏格假结拼接或嵌套构成的”u。同时Bon等人提 和Gutell中的486个含假结样本 ，发现483个都属于 出的亏格分类算法是判定法 ，只对给定弧图计算其 RE 。因此如果在RE类上解决了亏格的动态计 亏格有效，而对给定亏格枚举出所有的二级结构图 算就等于寻找到亏格动态计算与枚举的实