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公共计算平台的建设与管理 中国科学技术大学 孟庆宇 中国科大的公共服务实验体系 理化科学实验中心 生命科学实验中心 信息科学实验中心 工程与材料科学中心 高性能运算中心 总体概况 共有199个Itanium2(Madison) 峰值计算能力11520亿次浮点运算 一台64CPU Cluster 四台32CPU SMP大型服务器（Superdome) 外存3T 高性能计算的需求 计算数学 计算化学 天文与空间物理计算与分析 计算生物学 高能物理 计算机科学的研究 一般的建设方式 每个学科独立建设计算中心，一般采用PC集群的方式 规模较小 平台单一 使用率低 缺乏支持 运算使用率 总体使用率较为低下 运算资源的整合的优点 扩大整体的运算规模 使用更大型的计算机完成普通集群不能完成的大型作业，扩大应用范畴 协调统一调度与管理 软件资源的共享 提供技术支持 对应用的调查 应用软件类别 自主开发 开放代码 商业购买 并行化情况 MPI/PVM并行程序 OPENMP并行程序 多进程串行程序 单进程串行程序 对应用的调查 运行操作系统 开发环境 编程语言 数学库 调试器 可恢复性与计算周期 集群系统构成 32台HP rx2600,64个CPU用Myrinet交换机构成Beowulf Cluster CPU是Intel Itanium2，主频１.5Ghz L3 Cache 6M 集群系统构成 Itanium2芯片上共有４亿４千万个晶体管 每周期可执行４条浮点乘加指令(6发射） 采用EPIC(显式并行指令运算）－－在编译时检查相关性等，实现指令级高度并行 操作系统为Linux,运行MPI程序 集群系统软件 采用Intel Fortran V8.0和C++(C) V 8.0编译器 采用Intel MKL V6.0 数学库 用性能分析器V Tune优化程序 用Platform公司的LSF V6.0进行Job管理 HP Superdome系统构成 四台32个Itanium CPU (主频1.5G L3Cache6M) 4个CPU用HP SX1000构成一个Cell 8个Cell用交叉开关(Cross Bar )构成32个CPU的SMP机器 　HP Superdome软件 操作系统为HP UX V11.23 既可运行Open MP 又可运行MPI程序 采用HP C++(C)和Fortran 编译器 　HP Superdome 用HP MLib 并行优化数学库 用Caliper作为工具帮助用户优化程序 用Glance监控系统运行 I/O为PCI-X 用LVM进行磁盘统一管理 管理体系 中国科大超算中心管理委员会 宏观管理、决策机构，检查、监督高性能计算中心的建设、运行和管理，对高性能计算中心的重大问题作出决策和建议，并接受学校有关领导的指导。 中国科大超算中心专家委员会 决定高兴计算中心的发展方向，为高性能平台的建设决策提供技术支撑。 中国科大超算中心用户协会 协调用户间的资源需求，向管理委员会提出用户需求与建议。 用户管理 满足运算需求与教学需求 运算需求用户的管理 满足教学要求 作业管理 科大超级计算中心使用LSF对通常作业进行自动管理 采用fair share的方式使各学科间在相对可计算的一段时间内公平的使用CPU资源， 对有特殊要求的作业逐个审批，符合要求的特大型题目可以利用限制外的更多的资源，必要的题目甚至可以使用全部的资源 资源管理 外部存储空间的管理 内存使用量 存储器带宽 网络带宽 主要应用 化学反应的本质及选控 地球圈层相互作用的环境效应 蛋白质网络与细胞活动 可再生洁净能源 微尺度物质电子态、自旋态的控制与应用 数学、天文及理论物理中的重大问题 力学领域中的复杂计算 计算机网格研究与网格计算 * * 时间 使用率 Itanium2结　构 Itanium 2芯片 Crossbar 12.8 GB/s Cell Board Cell Controller MEMORY Itanium Itanium Itanium Itanium MEMORY 64 GB 8x PCI 2x or 4x PCI 4x I/O Controller ….. PCI PCI ASIC ASIC …... PCI PCI ASIC ASIC 4x PCI 4x Superdome Cell Board I/O Chassis 12.8GB/sSystem Peak Bandwidth/cell 204GB/s in 16Cell configuration 2GB/s I/O Peak bandwidth 32GB/s in 16 I