基于相对熵的蛋白质折叠的研讨.pdfVIP

中国科协第四届优秀博士生学术年会论文集 基于相对熵的蛋白质折叠的研究丰 齐立省1王存新1王宝翰2焦雄1陈慰祖1 1．北京工业大学生命科学与生物工程学院，北京100022；2．中国科学院生物物理研究所，北京100101 摘要采用非格点模型，用相对熵作为优化函数，预测蛋白质主链走向的方法是可行有效的。 在以前工作的基础上，提出了一种新的求接触势系综平均的方法．选取14个真实单链蛋白 质作为测试蛋白，用三态HNP模型对该方法进行了测试，模拟结果表明比以前方法的预测 精度有了提高，预测结构相对于天然结构的均方根偏差(RMSD)在0．4伽．60nm． 关键词生物物理；蛋白质折叠；相对熵；优化方法 引 言 蛋白质三级结构预测是分子生物学的热点问题之一，目前从蛋白质一级序列预测其三级结构的方法大 致可分为两类，一类是基于已知结构信息的同源模建m31、折叠子识别‘“1方法，另一类是基于热力学理论 的从头(abinitio)预测方法。同源模建方法是目前应用最成功的一种方法，对于序列同源性大于30％的蛋 白质序列，其预测结构均方根偏差可达到0。15 质，均方根偏差的值在0．30～0．75nnl