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2018-02-16 发布于境外
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选择RUN PeptideProphet,其他参数为默认. 点击RUN Xinteract,即可作 PeptideProphet分析. PeptideProphet分析运行PeptideProphet的结果可通过IE打开. PeptideProphet处理结束经PeptideProphet处理后的结果可用浏览器打开.在IE里面输入:http://localhost/ISB/data/ZCNI_training/interact.pep.shtml可以看到结果为: 4.运行ProteinProphet 点击Analysis Pipeline,选择Analyze Peptides ProteinProphet界面点击Add Files 选择经PeptideProphet后生成的 interact.xml文件其他为默认,点击Run ProteinProphet! 其它参数为默认,点击Run ProteinProphet,即可运行ProteinProphet程序运行ProteinProphet 运行ProteinProphet完成后生成的interact-prot.shtml 文件可由IE打开. 经ProteinProphet分析得到的结果可由IE打开,在IE中输入 http://localhost/ISB/data/ZCNI_training/t.shtml 可以看到经ProteinProphet后的结果为: 7.数据的过滤筛选和将结果保存成Excel文件在min probability 填上0.9,选择export To excel,然后点击 Filter/Sort/Discard Checked entries, 即可将结果过滤并生成 Excel文件. 过滤筛选后生成的excel文件结果编号蛋白索引号蛋白可信度唯一对应肽段数对应肽段总数过滤筛选后生成的excel文件 Thank You! 5.替换数据库下载蛋白数据库存放到本文件夹 (所使用fasta数据库为所研究种属的蛋白数据库，可从ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/IPI/current/下载得到) 用记事本打开参考文献： / /GPM/gpm_install_faq.html 蛋白质组学数据统计分析软件Trans-Proteomics Pipeline (TPP) Trans-Proteomic Pipeline (TPP)是用于LC/MS/MS蛋白质组学数据分析的软件. TPP包含一系列蛋白质鉴定和定量分析的模块, 能够对经Sequest数据库搜索引擎得到的结果进行筛选过滤,从而达到蛋白质鉴定和测序的目的. 蛋白质组学数据统计分析软件 Trans-Proteomic Pipeline (sashimi) 蛋白质组学数据统计分析软件蛋白质组学数据统计分析软件 sp|P02754|LACB_BOVIN BETA-LACTOGLOBULIN PRECURSOR (BETA-LG) (ALLERGEN BOS D 5) - Bos taurus (Bovine). MKCLLLALALTCGAQALIVTQTMKGLDIQKVAGTWYSLAMAASDISLLDAQSAPLRVYVEELKPTPEGDLEILLQKWENGECAQKKIIAEKTKIPAVFKIDALNENKLVLDTDYKKYLLFCMENSAEPEQSLACQCLVRTPEVDDEALEKFDKALKALPMHIRLSFNPTQLEEQCHI TPEVDDEALEK : p = 0.96 PTPEGDLEILLQK : p = 0.81 LSFNPTQLEEQCHI : p = 0.65 P = 1 – (1-0.81)(1-0.96)(1-0.65) = 0.99 蛋白质组学数据统计分析软件 TPP的安装与配置从http：///TPP.php上下载并安装windows版本TPP软件。TPP_Setup_v4_2_JETSTREAM_rev_0.exe。安装过程中选择附带安装Apache(安装TPP4.2要求系统已安装ActivePerl-5.8.8.*以上版本，可从网站上下载)。安装完成后，将会生成TPP的图标安装完后,桌面上生成了TPP和Cygwin的图标使用TPP 点击桌面上的 TPP Web Tools ,将会出现TPP的登陆界面. TPP的登陆界面 UserName: guest Password: guest TPP Web Interface的欢迎界面样本数据分析准备工作: 确保C盘至少1G的空闲的硬盘空