03第三章 关键词和词组为基础的数据库检索.2012.02.29.1832.pptVIP

第三章 关键词为基础的数据库检索 如何获取外文文献全文 不管是本科生毕业、研究生开题、还是工作中收集最新的一手资料，都需要查看文献，当然也少不了外文文献。 如何获取外文文献的全文呢？ Entrez检索体系(human immunodeficiency virus, HIV) Google学术搜索 其它数据库检索（SCI、SpringerLINK、Wiley InterScience etc.） 3. 与retrotransposon有关的文献资料有多少篇？ 与rice retrotransposon有关的文献有多少篇？ 4. 了解SRS检索体系。 5. 了解DBGET检索体系。 * 本章主要内容： 基本概念 Entrez检索方法 SRS检索方法 DBGET检索方法 本章重点难点： 以关键词为基础的数据检索的基本方法、原理(重点掌握Entrez检索方法) 检索数据库的方法 用关键词或词组进行数据库检索 (Text-based database searching) 用核苷酸或蛋白质序列进行数据库检索 (Sequence-based database searching) 关键词 名词、描述性词、词组 序列注册号 (Accession number) 检索体系 Entrez Sequence Retrieval System (序列检索系统，SRS) Integrated database retrieval system (DBGET) 检索须知（1） 连接词 AND, OR, NOT rice AND enzyme rice AND enzyme NOT kinase retrotransposon OR retroelement 用引号将两个单词组成一个词组 “disease resistance” disease resistance = disease AND resistance 检索须知（2） wild card“*”放在单词后使检索范围扩大， 但专一性降低 Wan* = 所有以 Wan 开头的单词 enzyme* = enzyme + enzymes 1. Entrez /Entrez/ NCBI 的检索体系 优点：三种检索体系中最容易操作的体系 缺点：检索范围有限 8大类44个与 Entreze 体系相连的数据库 “Nucleotide Sequences” databases (15) “Protein Sequences” databses (4) “Structures” databases (5) “Genes” databases (4) “Gene Expression” databases (4) “Taxonomy” databases (2) “Genomes” databases (6) “Literature” databases (4) Entrez主页/Entrez/ Entrez系统中部分数据库之间的连接 检索方法（1）：数据库之间检索 NCBI主页 或Entrez主页输入关键词 各个数据库中检索到的信息数量 点击相应数据库查看信息目录，每一条信息与其它数据库的相关信息链接 检索方法（2）：选择数据库检索 NCBI主页选择数据库，输入关键词 检索到的信息目录，每一条信息与其它数据库的相关信息链接 查看信息内容 选择数据库后，可选择在这一数据库中的检索内容、时间范围、分子类型、基因位点等 检索到的信息目录 点击“Limits”修改检索时间范围 点击“Search”检索选择时间范围内的数据 分子量检索 检索一个分子量为2002的蛋白质，输入“2002[MOLWT]”，结果目录，详细内容 与其他检索词相结合，如检索人类分子量为2002的蛋白质，输入“2002[MOLWT] AND “human”[ORGN]” 其他专一检索 关键词[栏目缩写或全名]，如“2002[MOLWT]或2002[molecular weight] 检索在“Keywords”栏目中出现“kinase”的蛋白质数据，输入“kinase[Keyword]”，结果目录 范围检索 检索分子量在2002－2009之间的蛋白质，输入“2002:2009 [Molecular Weight] ”，结果的详细内容 检索核苷酸长短在3000－4000之间的DNA，输入“3000:4000[SLEN]”，结果目录 检索注册号在AF123456－AF123478之间的核苷酸数据，输入AF123456:AF123478[Ac