UCSC的高级应用.pptxVIP

UCSC的高级应用Table browser检索下载主要的数据表格相关附属表格Table browser底层数据库(MySQL)可视化Copyright OpenHelix. No use or reproduction without express written consentTable browser的文章发表Karolchik, et al./cgi/content/abstract/32/suppl_1/D493?ijkey=06tIQcBr2VZNzkeytype=refThe UCSC Table Browser data retrieval tool. Nucl. Acids Res. 32(Suppl 1), D493-D496 (2004)Table browser的应用示例人类三核苷酸的表达特征McMurray, C. Nature Reviews GeneticsTable browser的应用示例选择基因组在人类基因组中检索含有序列 “CAG”的简单重复序列，并且下载对应表格信息Table browser的应用示例选择数据库在人类基因组中检索含有序列 “CAG”的简单重复序列，并且下载对应表格信息Table browser的应用示例查看表格描述Table browser的应用示例定义区域Table browser的应用示例粘贴上传Table browser的应用示例数据摘要Table browser的应用示例增加筛选删除*号（代表任何类型）键入CAG（大写）提交筛选Table browser的应用示例外部工具输出数据Table browser的应用示例文本格式选择输出的数据格式Table browser的应用示例上下游扩展长度序列Table browser的应用示例GTF格式BED格式常见的显示方式和对应文件格式片段显示（显示区域，例如遗传位点，缺失插入）Bed格式：染色体起始终止名称评分加厚起始加厚终止颜色 exonexonexonex3 UTR 5 UTR内含子 和 转录方向 或者 常见的显示方式和对应文件格式基因ID基因名等GTF格式序列名称，来源，特征分类，起始，终止，评分，方向，框架，特征信息蓝色柱条的高度反映保守程度, 红色区域反映快速进化区域常见的显示方式和对应文件格式Vert. cons.WIG格式类型染色体起始步长数据chr3 400601 400700 A1 11chr3 400701 400800 A2 22chr3 400801 400900 A3 33Table browser的应用示例定制轨道直接可视化Table browser的应用示例超链接模式Table browser的应用示例在大约100万个简单重复序列当中大约有80余个满足我们的筛选标准除“定制轨道”的选项以外，需输入输出文件的文件名数据摘要Table browser的应用示例获得全部数据Table browser的应用示例评价重叠选择交集类型交集选择交集输出提交获取所有已知基因内的“CAG”简单重复序列，并且使用超链接浏览Table browser的应用示例数据摘要Table browser的应用示例超链接Table browser的应用示例HTT, chr4: 3074877…CAGQQQATN1, chr12: 6936717…CAGQQQTable browser的应用示例CAGQQQRAI1, chr17:Table browser的应用示例CAGNon-codingCTGZoomed 20xDMPK, chr19Table browser的应用示例McMurray, C. Nature Reviews GeneticsTable browser的应用示例获得结果相关分析简单线性回归，合理使用数据定制轨道Obtain TrackGet Output轨道名称:SRepeatKGenes描述名称:Intersection…选择可视化类型下载轨道至文件定制轨道示例可选的说明文件在Genome Browser可视化定制轨道示例开启细节 查找特定基因，并且放大缩小“…caused by anexpanded, unstabletrinucleotide repeat…”定制轨道定制轨道示例定制轨道也可以在Table browser中进一步的交集和筛选定制轨道示例进入浏览器更新轨道定制轨道帮助如何使用定制轨道定制轨道帮助/goldenPath/help/customTrack.html四步法：定制个人数据的格式；定义浏览器属性；定义轨道属性；上传轨道；增加可选说明文件。定制轨道示例步骤一：定制个人数据的格式GFFGTFPSLBEDWIGbigBEDbigWIGetc