3pcr引物 PPT.ppt

（3）PCR引物设计;PCR引物的设计原则;PCR引物的设计原则;PCR引物的设计原则;PCR引物的设计原则;PCR引物的设计原则;中山大学药学院;例如： IL-3正链 5GCTCCATGACCCAG-----------CGATCTTTTGAGTCCAA 3 负链 3CGCTAGAAAACTCAGGTT 5 上游~： 与其相同 下游~： 先写出相应负链3→5然后倒过来5→3 所以负链Primer：5-TTg gAC TCA AAA gAT CgC -3;（2）Primer 本身不要出现内部互补序列 形成loop环，内部二级结构 如： GGGTCGATTCCTACCCATGC （3）注意减少Primer间互补序列 导致2个Primer形成dimer 一般不要超过3个互补bp 如：CCCATGC ATGGAGTC : : : : : : : : GGGTCTA TCAGTAAGC ;中山大学药学院; （5）primer 5’端增加碱基 (1)内切酶识别点： 5’-GAATTC GCTCCATGACCCAG -3’ (2)保护bp： 5’- GGGAATTC GCTCCATGACCCAG-3’ 对PCR产物cloning有很大好处 便于内切酶消化，不同内切酶需保护bP数量不同 EcoRI 1 BglII 2-3 XbaI 2-3 HindⅢ 3 BamHI 2-3 PstI 4 XhoI 4 NotI 10 ;(3)ATG起始密码 5’- GGGAATTCATGGCTCCATGACCCAG-3’ (4)TAA、TAG、TGA终止密码 ;PCR引物的使用;RT时，引物设计3种方法;AAAAAAA;2 PCR的引物设计软件应用;Primer Premier 5.0 的使用技巧简介 主要功能: 1、即引物设计 2、限制性内切酶位点分析 3、DNA基元(motif)查找 4、同源性分析 ;简并引物设计;Primer Premier 5.0使用介绍(1);基本信息;引物设计界面;引物搜索选项设定;搜索结果;引物信息;一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，因此最好的情况是最下面的分析栏没有 But …;引物编辑;引物编辑;Enzyme;Oligo 6.44 使用说明;Final PCR information