CADD 从头设计精选.pdf

计算机辅助药物设计 概论 计算机辅助药物设计的方法学 从头设计方法 1 从头设计  根据受体的三维结构和性质要求，直 接借助计算机自动构造出形状和性质 互补的全新 配体分子。  没有化合物种类和结果的预先限制  结构新颖 计算机辅助药物设计概论－从头设计方法 2 从头设计方法 在受体的受点配上基本构建块，通过数据 库的搜索和计算，在构建块安置合适的原 子或原子团，得到与受体的性质和形状互 补的真正分子。 计算机辅助药物设计概论－从头设计方法 3 从头设计方法类型 模板定位 原子生长法 从头设计 分子碎片法 计算机辅助药物设计概论－从头设计方法 4 模板定位  一级结构的生成：在受体活性部位使 用模板构建出一个性质互补的骨架。  二级结构的生成：根据其他作用性质 把分子骨架转化为具体分子。 计算机辅助药物设计概论－从头设计方法 5 模板定位 受体受点 X Y 靶标边界 X Z 一级结构 二级结构 N X Y NH2 X OH Z 计算机辅助药物设计概论－从头设计方法 6 原子生长法  在受体活性部位根据静电性质、氢键 性质、疏水性质逐个增加原子，以生 长出与受体活性部位的形状、性质互 补的新分子。  第一步：产生起始点  第二步：原子生成 计算机辅助药物设计概论－从头设计方法 7 原子生长法基本步骤  第一步是产生起始点  易形成氢键的原子  电负性较大的原子 疏水基团 N NH2