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(生物信息学课件)第8讲序列比对的意义
王元茂 安徽中医药大学 生物信息学 第八讲 序列比对的意义 全局序列比对算法 全局序列比对算法 Levenshtein 与 LCS 的异同点 算法Demo Tankertanker Design 比对是数据库搜算算法的基础，将查询序列与整个数据库的所有序列进行比较，从数据库中获得与其最相似序列的已有数据，能快速获得有关查询序列的大量有价值的参考信息，对于进一步分析其结构和功能都会有很大的帮助。近年来随着生物信息学数据大量积累，通过比对方法可以有效地分析和预测一些新发现基因的功能。 全局序列对比 全局序列对比是对给定序列全长进行比较的方式。在待比较的两个序列中引入空位(gap)，使得对序列的全长都得到比较。通过全局比对，我们想得到的是一个分数高的比对。具体算法与最长公共子序列类似。 S(i-1,j-1) + cost(ai,bj) cost = 0 || 1 S(i,j) = min S(i-1,j)+cost(ai,-) delete(i,-) S(i,j-1)+cost(-,bj) delete(j,-) 给定两个序列 A = a1 a2 ····· an 和 B = b1 b2 ······ bm, S(i,j)表示两个序列任何比对的最好分数(最低扣分)。在设定好初始值之后可以用以下递归关系计算该分数。 思考：如何迁移到程序 S[i-1,j-1] + cost(ai,bj) cost = 0 || 1 S[i,j] = min S[i-1,j]+cost(ai,-) delete (i,-) S[i,j-1]+cost(-,bj) delete (j,-) A B B A 0 1 2 3 4 B 1 1 1 2 3 B 2 2 1 1 2 A 3 2 2 2 1 Tankertanker Design
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