分子动力学方法精选.pdf

计算材料学 The Computational Materials Science “A new way of thinking …” 上海交通大学材料学院：金朝晖 2010.02 原子层次模拟：分子动力学方法 （I） MD simulation Observing and measuring atoms in a virtual lab Molecular Dynamics （MD） 对一个包含N个粒子（原子或分子）的体系，给定粒子 之间相互作用势，初始条件和边界条件，通过对牛顿运 动方程做数值积分，从而得到粒子运动轨迹的方法。 五个要素： 1. 粒子间相互作用势 （interatomic potential） 2. 初始条件（initial condition） 3. 边界条件（boundary condition） 4. 求解牛顿运动方程（二阶常微分方程组）的积分算法 （integrator） 5. 粒子运动轨迹（atomic/particle trajectories ） 体系的内能 对体积为V 的N粒子体系，定义内能： E ≡K +U N 1  2 其中，K为系统动能 K ≡ m xi t ∑ i ( ) i 1 2 U为系统势能 3N U U x t ( ( )) 3N x (t) 表示t时刻3D坐标集x (t) , x (t) , x (t) ,……, x (t) 1 2 3 N 绝热体系（微正则系综, NVE）： 对于孤立体系，E为恒量，不随时间和体系所处的状态而变化 恒温体系（正则系综，NVT）：粒子数、体积、温度不变 原子间相互作用势 （1）pair potential Lennard-Jones potential  σ 12 σ 6      V( r) 4ε =−      r r      Repulsion: short range Attraction : long-range Ar ：σ=3.405 Å，ε = 119.8kB = 0.01032 eV (rare-gas solid: fcc packing) Electronic configuration: 1s2 2s2 2p6 3s2 3p6 (close-shell) central force interactions (no directional bonding) : good approximation for spherical atoms 初始构型：面心立方晶体（Argon ） IC (初始条件) N = 4x(5x5x5) = 500 T = 0 K