合成生物学导论1常微分方程.ppt

合成生物学的定义 Synthetic Biology is： A) the design and construction of new biological parts, devices, and systems, and B) the re-design of existing, natural biological systems for useful purposes. / 合成生物学的学科基础与应用范围 合成生物学的研究内容 生物大分子的合成与模块化 生物基因组的合成、简化与重构 合成代谢网络 遗传/基因线路的设计与构建 细胞群体系统及多细胞系统研究 数学模拟和功能预测 生物大分子的合成与模块化 核酸分子的人工合成 DNA从头合成（de novo DNA synthesis）技术 S. A. Benner等人人工制造了两种核苷：K和X，组成了被其称之为AEGIS (An Expanded Genetic Information System)的系统，而且证明了核苷酸的种类可以多达12种之多。 斯坦福大学的化学家E. T. Kool在原有的四种碱基上增加苯环，形成新的四种碱基，并制造了加长的双螺旋新分子“xDNA”，增加了DNA双链的间距，使DNA分子双链的氢键断裂温度提高。这段双螺旋能在黑暗的环境中发光并且能在较高的温度下仍然保持稳定。 生物基因组的合成、简化与重构 人工合成生物全基因组 1979年H. G. Khorana合成了酪氨酸阻遏tRNA基因（207bp）； 2002年纽约州立大学石溪分校魏玛（E.Wimmer）小组用了3年的时间合成出了脊髓灰质炎病毒（Poliovirus）的全基因组，7500bp。 2003年，J. C. Venter 研究小组用了14天时间从头合成了噬菌体Phi X174（5386 bp）基因组。 2004年，人工合成了1918年造成全世界上千万人死亡的“西班牙流感病毒”。 2008年J. C. Venter小组又合成了Mycoplasma genitalium生殖道支原体基因组（582790kb），这是迄今为止人类在合成生物过程中走得最远的一步。 J. C. Venter小组?的另外一项工作却获得了成功：不久前将关系较近的两株支原体中一株的基因组用另外一株的基因组替换，结果仍能正常“工作”。 最小细菌基因组的必要条件 ●必不可少(或必需)的蛋白质编码基因 （Essential genes)； ●必不可少(或必需)的RNA分子编码基因； ●必不可少(或必需)的非编码序列（启动 子序列;TFBS; 复制起始原点区 oriC 等); ●……………………………… 基因组简化（Genome reduction) ● 2006年SCIENCE 发表了美国威斯康星大学Blattnerj教授小组的论文：“减少了大肠杆菌基因组所出现的性质”。通过有计划地精确地删除，使所设计的菌种基因组减少高达15％，但却保留了好的生长状态和蛋白质生产。 ● 基因组减少还导致了没有料想到的有益性质：高的电穿孔效率、重组基因和质粒的精确繁殖，而这些质粒在其它菌种中是不稳定的。 枯草杆菌(Bacillus subtilis) 生殖道支原体（Mycoplasma genitalium） 流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae) Database of Essential Genes5210 （DEG 4.0） 重构（Refactoring）T7噬菌体基因组 第一步是重新注释野生型噬菌体T7基因组。 第二步是将含有39977个碱基对的T7噬菌体基因组划分为73个单元，每个单元包含一个或多个元件。 合成生物学的研究内容 合成代谢网络 利用转录和翻译控制单元调控酶的表达以合成或分解代谢物。主要以代谢物浓度作为控制元件的输入信号。 例如：利用酿酒酵母和大肠杆菌合成抗疟疾药物青蒿素的前体物质。 遗传/基因线路的设计与构建 1961年F. Jacob和J. Monod提出的乳糖操纵子模型第一次明确提出了基因表达的调控概念，被认为是分子生物学发展的第二个里程碑。 细胞群体系统及多细胞系统研究 基于细胞间交流的细胞群体系统及多细胞系统的开发，主要是研究细胞群体间的同步基因表达、信号交流、异步功能配合等。 数学模拟和功能预测 一种科学只有在成功地运用了数学时，才算真正达到完善的地步。 －－卡尔．马克思 合成生物学的工程本质 合成生物学区别现有生物学其它学科的主要特点: 2.1合成生物学的模块化设计 模块（Module），必须具有以下几种基本属性：接口、功能、逻辑、状态。 接口、功能与状态反映