环境微生物群落结构与功能多样性研究方法精选.pdfVIP

生 态 学 报 2010, 30( 4) : 1074—1080 A cta Ecolog ica S in ica 环境微生物群落结构与功能多样性研究方法 刘开朗 ,王加启 , 卜登攀 ,李 　旦 ,于 　萍 , 赵圣国 (中国农业科学院北京畜牧兽医研究所动物营养学国家重点试验室 ,北京 　100 193) 摘要 :微生物群落的结构及群落内种间相互作用是影响其生态功能的决定性因素 。尽管微生物群落是地球生物化学循环的主 要驱动者 ,但是由于传统的微生物培养方法只能分离约 1% 10%的环境微生物 ,对复杂的环境微生物群落结构和功能多样性 了解甚少 。元基因组学 、单细胞分析和群落遗传学等方法的出现 ,及其与微生物学的交叉融合 ,使得人们能够从微生物群落组 成 、物种功能、种间相互作用和预测模型等方面分析微生物群落 。重点综述了元基因组学 、单细胞分析和群落遗传学等方法及 其在环境微生物群落结构和功能多样性中的应用进展 。 关键词 :群落生态学 ;群落遗传学 ;种间相互作用 ;元基因组学 ;鲁棒性 文章编号 :(20 10)中图分类号 : 　文献标识码 : A Curren t progress in approaches to the study of structure and function d iver sities of env ironm en ta l m icrob ia l comm un ities L IU Kailang, WAN G J iaq i, BU D engp an , L I D an , YU P ing, ZHAO Shengguo S ta te Key L abora tory of A n im a l N u trition, Institu te of A n im a l S cience, Ch inese A cadem y of A g ricu ltu ra l S ciences, B eij ing 100 193, Ch ina A cta E co log ica S in ica, 2010, 30 ( 3) : 0001—000. Ab stract: M icrob ial commun ity structure and intersp ecies interaction s are the key factors that determ ine the function of the commun ity. A lthough these commun ities are the m ajor drivers of m any b io sp here p rocesse s, due to the fact that on ly 1% 10% of natu ral m icrobes cou ld be recovered by cla ssical cu lturedep endent m ethod s, relatively little is known abou t their structure and function. Som e recently em erged novel m ethod s, e. g. m etagenom ics, single cell analysis and commun ity genetic s enab le researcher cou ld decip her the ecological p rop erties of m icrob ial commun itie s on the ba sis of the que stion s being asked: the compo sition of the commun ity, the function of individual sp ecie s, the model of intersp ecies interaction and p redictive modeling at the commun ity level. In the