基因组测序的原理与方法医学课件.ppt

大规模基因组测序的原理与方法 胡松年 husn@ BAC by BAC Regional mapping Regional mapping Regional mapping Whole Genome Shotgun 测序平台的构成 文库组 各种物种DNA的提取 载体的制备 大片段文库(BAC、Cosmid) 的构建 霰弹法文库(pUC18)的构建 文库质量的检测 转化 文库的保存 培养组 分装培养基： 8道瓶口分液器 1分钟/板 出错率高 工作强度高 国产96自动分液器 30秒/板 杜绝错误 轻松一按 模板组 96孔醋酸钾法(1999年) 96孔亚精胺法(2000年) 96孔Millipore过滤膜法(2001年) 96孔自制醋酸纤维吸附膜法(2002年) 384孔过膜法(2002年?) 全部试剂及耗材的国产化 反应组 测序模板检测 反应试剂与引物检测和分装 反应及纯化 样品溶解 96孔板反应(1999年) 384孔板反应(2000年) MegaBACE上机组 上机样品的分装 上机试剂的分装 上机 数据传送 设备的保养与维护 数据处理组 数据接收 序列质量评估 序列组装 序列Finishing 数据备份 自动化程序的编制 优化组 新技术的资料收集与分析 新方法推广的技术支持与监督 大片段文库技术的建立 模板制备方法的改进 反应体系的优化 上机参数与试剂使用的优化 384孔板的全线使用 配液组 各组配制各种试剂 提高工作效率 降低溶液配制的出错率 减少浪费 生产辅助组 挑菌 卫生清洁 器皿清洗 孔板回收再利用 滤板制备 测序模板保存 Solid reads assembly strategy -- Assembly scaffolding of rice blast fungus genome Sequencing data reference NCBI reference 3730454 reads/contigs Solid mate-pair reads Scaffolding methods Scaffolding methods Scaffolding methods Scaffolding methods Statistics on scaffolding results Scaffolds Number: 187 Contigs: 2496 (including 81contigs added) Total length: 32,202,800 Coverage: ~85% Try to fix gaps Whole Genome Sequencing of Bifidobacterium animalis subsp. lactis V9 with the SOLiD System Outline Backgrounds Strategies Results Analysis Conclusions Backgrounds Why BAL V9? Physiological activities Acidity tolerance Bile salt tolerance Intestinal juice tolerance Probiotic properties Backgrounds Why SOLiD? High throughput Easy to operate Error recognition (two-base encoding) Economic (much cheaper) BAL Genome Projects (good reference sequence) One draft (HN019, Apr 2008) One complete (AD011, Jan 2009) Three in progress (BB12, Bl-04 and DSM10140) Strategies Mate Pair Library V9 genome One circular chromosome: ~2Mb One plasmid: ~30kbRead length: 25nt Library size: 3kb Read length: 25nt Five primers 1/4 of one of the two SOLiD slides Strategies Data Processing Corona Lite SOLiD data analysis software Mapping Pairing (mate pair statistics) Scaff