生物芯片技术及其应用-生科院研究生课程4.ppt

* 预制的基因芯片 芯片滚动杂交仪 全自动芯片洗涤工作站 智能化的分析软件 高分辨率的芯片扫描仪 主要的基因芯片技术平台（一） Affymetrix Gene Chip 光蚀刻原位合成技术 光蚀刻原位合成 Affymetrix 基因芯片的特点（一） 高密度的点阵技术 1 个平方厘米的面积至少可排列几十万到一百多万个探针合成区（“点”） Affymetrix 基因芯片的特点（二） Affymertix独特的PM－MM探针设计 5′ 3′ 基因序列 11－20对25mer探针 Perfect Match Mismatch Affymetrix 基因芯片的特点（三） Perfect Match MM Mismatch 单点突变 Oligo 探针 基因1的Oligo探针组 基因2的Oligo探针组 基因1 基因2 基因1 cDNA 基因2 cDNA 用于cDNA芯片的探针 （16－20) 特异性高 Affymetrix 基因芯片的特点（四） 基因表达 开放 基因表达 关闭 Oligo arrays cDNA arrays 多个检测结果可以参考 只有一个点的信号 20 μm ~ 150 μm PM探针 MM探针 芯片结果准确可靠 Affymetrix 基因芯片的特点（五） 重复性高 13,400 Signal Intensities: 13,090 Signal Intensities: 同一样本， 不同批次的芯片 Affymetrix 基因芯片的特点（五） Signal Intensities:13,400 Signal Intensities: 11,670 不同的样本， 不同批次的芯片 False I/D ( 2 fold) 0.3% False I/D ( 2 fold) 1% GeneChip?的操作流程 以真核生物为例 L L L L L L L L cDNA AAAA 总RNA的制备 反转录 体外 转录 生物素标记的cRNA 片段化处理 带标记的cRNA片断 35-200 bases 0.5-2 ug/ul 起始用量5-10ug （IVT） L L 杂交混合液的制备 Eukaryotic Hyb.Control Control Oligo B2 杂交 洗涤 扫描 数据分析 * *