Nanodcal经典问题整理汇总-鸿之微.PDFVIP

Nanodcal 经典问题整理汇总 2017/02/07 1. 问题：scf、transmission 计算k-spacegrids.number 取值设置： 解答： 做电极自洽时，周期方向K 点取多（10 左右），输运方向K 点取较多，真空方向K 点 取1； 做中心区自洽时，周期方向K 点取多（10 左右），输运和真空方向K 点取1； 做transmission 计算时，周期方向K 点取很多（100 以上），输运和真空方向K 点取1。 备注一：关于电极自洽输运方向取多 (1) 当电极是一维体系时，此处K 点建议取到100； (2) 当电极是二维和三维材料时，此处K 点可取10 左右。 备注二：初学者可以根据Nanodcal 自动默认的k-spacegrids.number值来进行设置。做法是 先将自洽计算输入文件中calculation.k_spacegrids.number一行注释掉，打开matlab进行计算， 然后读取nanodcal 自动给出的k-space grid numbers即可。 2. 问题：计算一直不收敛，如何解决？ 解答： (1) 检查体系合理性； (2) 降低收敛精度； (3) 提高Ecutoff 值，保证截断能（网格密度）足够； (4) 确保buffer layer 是不是足够长； (5) 利用初始计算的结果NanodcalObject.mat 文件； (6) 逐渐调小beta/mixrate 值，例如由0.1--0.05--0.02-- (7) 用calculation.SCF.mixMethod=linear mixer ，先算50 步；看看Hmatrix 收敛效果；跑 完linear mixer 后，看看结果，再改其他的mixer 方法；一般是先linear 再Pulay，先realRho ， 再H ； (8) 对于非平衡态输运计算，不收敛的时候可以尝试修改围道积分能量点数目； (9) 对于金属电极，将温度 100K 调至300K 。 3. 问题：对于gridCharge 值难以收敛的体系怎么办？ 解答： 鸿之微科技（上海）股份有限公司 第1 页 (1)在scf计算的log文件中查找体系的总电子数：Electrons of Central Cell Atoms (2)根据自洽迭代的gridCharge值（差值），除以体系总电子数，比较与千分之一的大小； (3)如果在50步左右仍没有小于百分之一的趋势，中止计算，调小beta / mixRate参数，继 续进行计算；或者在适当的时候换用其他方法自洽计算； (4)根据经验，对于难以收敛的体系，可以先用linear 的方法跑几十步，然后换用Pulay 的方 法继续进行自洽计算。 （以上设置仅为经验值，不同体系可能出现不同情况，需要根据经验进行调试） 4. 问题：Nanodcal计算如何设置自动保存时间设置参数： 解答： 设置自动保存时间设置参数：calculation.SCF.maximumTime （When the computer cpu time is limited for a job, this parameter gives the maximum (wall) time which can be used for this SCF calculation. Nanodcal will estimate the time needed for a SCF cycle, and finish the SCF calculation automatically before the time limit is reached. The unit is hour. ） An example : calculation.SCF.maximumTime = 48 备注：calculation.SCF.maximumTime 参数请参见《input-reference 》文档（November 18, 2016 版本）3.10 章节P45 5. 问题：Nanodcal 的计算结果拷贝在其它计算目录显示临时文件无法创建。 The temporary directory /******/Device/temporarydata can not be made. 解答： 在input文件中添加临时存储目录路径：calculation.control.temporaryDirectory = ./tmp1 6. 问题：Nanodcal 可以计算迁移率吗，是用什么