引物设计文献.docVIP

引物设计注意事项 引物设计在基因的相关研究中极其重要，其中自己比较熟悉的一点是基于引物设计的全长cDNA文库的构建。全长cDNA序列的获取是一个十分困难的过程，因此这类数据在GeneBank库中存储较少。在过去的试验中，常见的方法是利用PCR对mRNA序列进行多次扩增，尽可能地获得“全长”的cDNA序列，但是这样的方法很难得到完整的UTR区域。自2000后，发展较迅猛的一个方法是日本一个研究所的“Oligo-capping方法。该方法的过人之处在于：为mRNA的设计了两个不同的引物。在3‘UTR区域，PolyA信号的存在可以很方便地设计对应的引物，在5’UTR区域，该方法用一段寡聚核甘酸代替mRNA的帽子结构，从而很容易地设计出对应的引物。从理论上讲，这种试验方法可以得到100％的全长cDNA，但是试验中多种因素的制约，使得该方法得到的cDNA中约有50％～80%的全长cDNA。如果试验生物学家能够解决这个难题，那么生物信息中对基因组的研究将会有很大的飞跃。。。汗ing，偶没有做过相关的试验，算是抛砖引玉了，，表砸我。。基本PCR引物设计参数 引物设计的目的是在两个目标间取得平衡：扩增特异性和扩增效率。特异性是指发生错误引发的频率。特异性不好或劣等的引物会产生额外无关和不想要的PCR扩增子，在EB染色的琼脂糖凝胶上可见到；引物效率是指在每一PCR循环中一对引物扩