CTCF和cohesin参与人成纤维细胞中HOXA基因簇染色质高级构象的.PDFVIP

中国科学: 生命科学 2015 年 第45 卷 第8 期: 768 ~ 776 《中国科学 》杂志社 SCIENTIA SINICA Vitae SCIENCE CHINA PRESS 论 文 CTCF 和cohesin 参与人成纤维细胞中HOXA 基因簇染色质高级构象的组织 * * 汪星, 徐淼, 赵光年, 刘国友, 郝德龙, 吕湘, 刘德培 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院, 医学分子生物学国家重点实验室, 北京 100005 * 联系人, E-mail: lvxiang@; liudp@ 收稿日期: 2015-06-15; 接受日期: 2015-07-02; 网络版发表日期: 2015-08-11 国家自然科学基金(批准号: 、国家重点基础研究发展计划(批准号: 2011CB965203)和协和青年科研基金(批准号: 3332013138) 资助项目 摘要 位于人体不同部位的成纤维细胞具有细胞特异性的HOX 基因表达模式, 可以作为 关键词 区分不同成纤维细胞的依据之一. 在个体发育的过程中, 建立或维持不同 HOX 基因表达模 人成纤维细胞 HOXA 基因簇 式的机制始终是引人关注的问题. 本实验室前期工作在 NT2/D1 人畸胎瘤细胞中证明了 染色质高级构象 CTCF/cohesin 介导的染色质高级构象在维甲酸诱导的HOXA 基因共线性开启过程中发挥了 CTCF 重要作用. 为了进一步研究原代细胞中CTCF/cohesin 对HOXA 基因的调控作用, 本研究选 cohesin 取了来自体轴不同部位并且 HOXA 基因表达模式互补的人胚肺和包皮成纤维细胞, 对 HOXA 基因簇中CTCF 和cohesin 的结合水平以及相关的染色质高级构象进行了检测. 与人 胚肺成纤维细胞相比, 包皮成纤维细胞中的 cohesin 结合水平较低, 相关的染色质高级构象 比较“开放”, 并且主要表达5′端的HOXA 基因. 本研究还发现CTCF 结合位点CBSA56 处于 HOXA 基因簇染色质高级构象中的核心位置, 并且该位点参与的染色质相互作用在两种成 纤维细胞中呈现出明显的差异, 说明 CBSA56 是一个关键的 CTCF 结合位点. 以上结果表 明, CTCF 和 cohesin 参与了人原代成纤维细胞中 HOXA 基因簇染色质高级构象的组织和 HOXA 基因的表达调控, 并且提示细胞类型特异性的染色质高级构象与 HOXA 基因的空间 共线性表达模式之间存在协同关系. 人体中处于体轴不同位置的细胞具有不同的基 稳定方面发挥了重要的作用[3]. 在发育过程中, 处于 因表达模式, 这种模式的分布在主要的空间维度上 机体特定位置上的细胞具有独特的“HOX 密码”, 能 (前部-后部、近端-远端和腹侧-背侧)呈现出明显的规 指引细胞的分化方向并参与组织的形成[2]. 脊椎动物 律性[1,2]. 其中, 细胞特异性的同源异形盒基因 中的HOX 基因大多以成簇基因的形式排列在染色体 (homeobox genes, HOX)表达模式可被看作是区分不 上[4]. HOX 基因的成簇排列形式被认为有助于拉近远 同位置细胞的重要特征, 在维系组织和器官的协调