基因组信息分析教材_课件.ppt

计算流程:滑动窗口 设定域值;窗口宽度9bp;依次打分,预测 例:剪切模型 (Splicing) 计算log-odds ratio 问题三:PSSM-信息? 1. PSSM/motif/domain/BLOCK:每一个位置上究竟包含了什么样的信息? 2. 对于同一个motif/PSSM:有些位点较其他位点提供更多的信息,why? 3. 如何定量化“信息”? 信息论:Claude Shannon 信息论的奠基人 1,048,576个盒子:Yes/No? 1. 随机将10000RMB的支票放入1,048,576个盒子之一 2. Play 20 questions: yes/no 8个盒子 1. 最少多少个yes/no的问题能够定位支票? 2. Answer: log28 = 3 1,048,576个盒子:Yes/No? 1. 随机将10000RMB的支票放入1,048,576个盒子之一 2.Play 20 questions: yes/no 220 = 1,048,576 信息论 1. 2b = M; b为bit (binary digit) 信息 2. M:所有概率的总量;因此: 3. b = log2(M); = b = -log2(1/M) = b = -log2(P); 所有概率相同,则P=1/M 4. 例:对于某一个motif的一个位置上,可能存在20种氨基酸,且概率相