因组学第章.ppt

第12章 基因组进化的分子机制 1) 突变 2) 重组 3) 转座 基因组突变的类型 1) 染色体水平的突变 染色体组变异倍性改变 染色体数目变异单体, 缺体, 三体, 非整倍性 染色体重排倒位, 易位, 区段重复, 区段缺失 2) DNA水平的突变 碱基代换, 碱基缺失, 碱基插入, 顺序重复, 一般将DNA碱基顺序的突变称之位点突变. 染色体组变异倍性改变 1)已知高等植物中约30-50%的物种为多倍体. 根据被子植物和裸子植物代表性物种EST数据的比较分析推断，现存被子植物共同祖先的基因组曾经经历过一次全基因组的加倍。 See: Cui L et al. Widespread genome duplications throughout the history of flowering plants, Genome Research, 2006, 16:738-749. 2)动物中多倍体物种及为罕见. 动物中多倍体物种及为罕见 多细胞动物基因组缺少多倍体的原因可能同动物的发育模式有关。动物的发育为封闭式, 胚胎发育时几乎所有未来的器官原基均在同一时间产生，需要高度协调。多倍体带来的基因剂量的不平衡会对动物胚胎发育产生致命的影响。 植物的发育是开放式的, 营养器官可以不断地重复地产生, 生殖器官与营养器官是同源的。此外植物细胞可直接从外界吸收营养, 绝大多数细胞都有叶绿体，可以独立进行光合作用获取能量，降低了器官和组织彼此间相互依赖的程度。植物这种相对独立的生长发育模式, 可以忍受多倍体带来的基因剂量不平衡影响，减轻自然选择的压力。 复制差错造成点突变的原因 错配突变 从化学角度来看，碱基互补的方式并不特别精确。 根据概率计算，纯化学的碱基配对差错率为5-10%。 误导掺入 每一种核苷酸都有二种互变异构体（tautomer）， 它们处在动态平衡中。如果复制叉经过某一胸腺嘧啶碱基，而后者又恰恰处在烯酮式异构体时，就会发生一次错配。因为烯酮式胸腺嘧啶更趋向于与G而不是与A配对。稀有的亚氨基腺嘌呤异构体优先与C而非与T配对，烯醇鸟嘌呤异构体优先与胸腺嘧啶T配对。 滑序复制 如果模板中含有较短的重复顺序，特别容易在原位发生插入和缺失突变，起因于重复顺序的滑序复制 （replication slippage）。滑序复制使基因组在许多位点出 现动态的重复顺序数量变化，造成子代群体在同一位点产 生许多不同的等位形式。滑序复制是动态突变的主要原因. 误导掺入 In tautomerization, for example, an amino group (-NH2), usually an H-bond donor, can tautomerize to an imino form (=NH) and become an H-bond acceptor. Or a keto group (C=O), normally an H-bond acceptor, can tautomerize to an enol C-OH, an H-bond donor. 突变的效应（点突变） 同义突变 突变的密码子仍然指令同一氨基酸，因而同义突变是沉默突变。 非同义突变 这类突变可改变密码子的含义，指令一个不同的氨基酸。非同义突变又称错义突变。 终止突变 可使原来编码氨基酸的密码子变成翻译终止密码，产生残缺的蛋白质。 连读突变（read through） 与上述突变正好相反，终止密码变成指令某一氨基酸的密码子，使翻译继续进行。 引起突变的因素 1) 化学因素 化学诱变剂: 烷化剂, 硝酸盐类, 苯酚类 2) 物理因素 放射线, 紫外线. 3) 生物因素 DNA修复酶基因突变可引起许多突变 突变的效应 超突变与程序性突变—倾向差错修复 1）许多生物种属都有一些专门负责损伤DNA复制的 多聚酶，它们可在特定的条件下以倾向差错或 无差错方式复制DNA。目前已在人细胞中发现具 有倾向差错复制的DNA多聚酶η(eta)，该酶如 发生突变，可引起着色性干皮病，这是一种皮 肤癌。 2）生物之所以选择这种高突变率的修复系统可能 同进化有关，倾向差错DNA复制在遭遇不利的生 存环境时能增加突变获得更多的多样性，使种 群得以繁衍。 SOS倾向差错修复的调控 LexA蛋白抑制SOS系统基因的表达. LexA蛋白具蛋白酶活 性, RecA蛋白可激活LexA, 使其自我降解, 解除抑制. D