dna测序概述_图文.ppt

3. Oxford Nanopore Technologies公司 Oxford Nanopore Technologies公司正在研究的纳米孔单分子技术是一种基于电信号测序的技术。他们设计了一种以α-溶血素为材料制作的纳米孔，在孔内共价结合有分子接头环糊精。用核酸外切酶切割ssDNA时，被切下来的单个碱基会落入纳米孔，并和纳米孔内的环糊精相互作用，短暂地影响流过纳米孔的电流强度，这种电流强度的变化幅度就成为每种碱基的特征。 纳米孔测序技术 与NGS, SMRT等技术相比，纳米孔测序不需修饰DNA或dNTP ,不需要酶和荧光基团、不需荧光检测系统等，具有直接测序和更低成本的潜能，是单分子测序领域的热点之一。 纳米孔测序原理比较简单:在一块膜内嵌入一个直径约为1.5 nm的纳米孔，在纳米孔两端加上一定的电压，在电场力的作用卜，单链DNA分子会通过这个孔并引起电流变化，电流的特征用来标识碱基序列。 尽管有实验表明有些纳米孔系统可以检视出单碱基加成引起的特征电流变化，目前纳米孔DNA测序领域主要有两大障碍。 第一，DNA链通过纳米孔的速度太快(约1个碱基/微秒)，超出了现有检测器的检测范围。 第二，纳米孔的厚度太厚导致单链DNA通过纳米孔时各碱基引起的电流差异特征不明显(纳米孔中所有的核有酸对纵向电流的变化均有贡献)。 3.小结与展望 DNA测序技术日新月异，伴随其成本的降低，DNA测序技术的应用将更加广泛。临床上大多数疾病最终发现与基因相关，多个致病基因位点已被确定，对人群进行基因筛查将有助于发现更多致病基因位点，同时也将有助于更多疾病病因的确立;基因治疗是靶向纠正突变基因，从根本上对疾病进行治疗，将是未来疾病治疗的方向，而这些目标的实现都依赖于基因测序技术的改进。 随着新的测序技术的出现,大规模测序的成本迅速下降,花费1 000美元测一个人的基因组的目标相信很快就可以实现。届时,对于遗传病的诊治将变得简单、快速,并能从基因组水平上指导个人的医疗和保健,从而进入个人化医疗的时代。 展望 * 从每年发表基因组文章的数量可以看出全球范围内测序研究的趋势。海量遗传信息相继被揭秘，基因组测序的春天已经来临。 发展史：上-下，左-右依次为：线虫、拟南芥、人、小鼠、水稻、家蚕、家鸡、海胆、杨树、猫、狗、葡萄、衣藻、赤拟谷盗、鸭嘴兽、文昌鱼、番木瓜、小立碗藓、血吸虫、猛犸象、牛、马、皇冠、玉米、高粱、非洲爪蟾珍珠鸟、熊猫、水螅、蚂蚁、可可、大豆、二穗短柄草、苹果、草莓。 2011年的物种从上到下：木豆、枣椰树、印度大麻、阿根廷蚁、鹿角珊瑚；巨蟒、绿蜥蜴、食蟹猴、帝王蝶、棉红蜘蛛。 2012：谷子、番茄，甜瓜、亚麻、盐芥、香蕉、大麦、棉花、梨、西瓜、小麦、梅花、鳄鱼、大猩猩、诗神袖蝶、牦牛、北极熊、牡蛎、姬鹟、家猪 从每年发表基因组文章的数量可以看出全球范围内测序研究的趋势。海量遗传信息相继被揭秘，基因组测序的春天已经来临，基因组类文章发表呈明显的增长。特别是11年和12年，植物类发表11篇和17篇，而动物方面发表了21篇和22篇。 发展史：上-下，左-右依次为：线虫、拟南芥、人、小鼠、水稻、家蚕、家鸡、海胆、杨树、猫、狗、葡萄、衣藻、赤拟谷盗、鸭嘴兽、文昌鱼、番木瓜、小立碗藓、血吸虫、猛犸象、牛、马、皇冠、玉米、高粱、非洲爪蟾珍珠鸟、熊猫、水螅、蚂蚁、可可、大豆、二穗短柄草、苹果、草莓。 2011年的物种从上到下：木豆、枣椰树、印度大麻、阿根廷蚁、鹿角珊瑚；巨蟒、绿蜥蜴、食蟹猴、帝王蝶、棉红蜘蛛。 2012：谷子、番茄，甜瓜、亚麻、盐芥、香蕉、大麦、棉花、梨、西瓜、小麦、梅花、鳄鱼、大猩猩、诗神袖蝶、牦牛、北极熊、牡蛎、姬鹟、家猪 * 第一代半自动测序示意图 第一代全自动测序 ——毛细管电泳测序 用毛细管电泳取代聚丙烯凝胶平板电泳，可使DNA的测序速度更为迅速。这种电泳装置有96个泳道，每次可同时进行96次测序，每轮实验不到2小时，1天可完成近千次反应。 毛细管电泳测序装置 第一代测序法的比较 方法 双脱氧末端终止法 化学降解法 荧光自动测序技术 优点 操作简便，结果清晰可靠，一次能确定300-500个核苷酸序列，已成为最常用的DNA测序方法 不需要进行酶促反应，可以分析甲基化等DNA的修饰情况 自动化程度高，高效率，精确度增加 缺点 花费时间过久，成本较高 一次最多只能分析250个核苷酸 ，所用的许多化学试剂有毒 纯化量小，不能纯化