am分子动力学模拟王延颋.ppt

* * BetP的生物学描述： BetP是C.Glutamicum的跨膜渗透压调节蛋白机器，属于BCCT蛋白家族，是一类Na+-coupled symporter. 当细胞感受到外部渗透压升高的时候，BetP会特异性地摄入一种叫做Glycine Betaine的氨基酸类似物作为渗透剂使升高内部渗透压以对抗因外部渗透压升高而造成的细胞失水。 * * BetP的生物学描述： BetP是C.Glutamicum的跨膜渗透压调节蛋白机器，属于BCCT蛋白家族，是一类Na+-coupled symporter. 当细胞感受到外部渗透压升高的时候，BetP会特异性地摄入一种叫做Glycine Betaine的氨基酸类似物作为渗透剂使升高内部渗透压以对抗因外部渗透压升高而造成的细胞失水。 * * BetP的生物学描述： BetP是C.Glutamicum的跨膜渗透压调节蛋白机器，属于BCCT蛋白家族，是一类Na+-coupled symporter. 当细胞感受到外部渗透压升高的时候，BetP会特异性地摄入一种叫做Glycine Betaine的氨基酸类似物作为渗透剂使升高内部渗透压以对抗因外部渗透压升高而造成的细胞失水。 多聚谷氨酰胺的粗粒化建模 多聚谷氨酰胺（Polyglutamine）的聚合是14种神经系统疾病的成因, 包括杭廷顿氏舞蹈病，老年痴呆症，帕金森氏综合症 临床发现当链长大于36时会致病 MS-CG 模型中隐含水的作用 假设针对短链建立的 MS-CG 模型可以用于长链的粗粒化模拟 * Yanting Wang and G. A. Voth. J. Phys. Chem. B 114, 8735 (2010). Bond: Valence Angle: Dihedral Angle: 粗粒化 Bonded Interaction 的拟合 粗粒化等效范德华力及粒子径向分布函数 多 聚 谷 氨 酰 胺 的 聚 合 27个Q36， L=15.6 nm * Yanting Wang and G. A. Voth. J. Phys. Chem. B 114, 8735 (2010). * Li Deng, Yanting Wang, and Zhong-Can Ou-Yang. J. Phys. Chem. B submitted. 不同浓度多聚谷氨酰胺聚合程度的分布 Q32, T=310K 随浓度增加聚合程度先增大后减小 不同温度多聚谷氨酰胺聚合程度的分布 Q32, C = 11.8 mM 聚合程度随温度增加单调减小 多聚谷氨酰胺聚合的统计模型 概率密度函数： 配分函数： 态密度函数： 能量函数： 模型中的参数通过拟合模拟数据获得 统计模型与模拟结果的比较 统计模型计算得到的最可几HOP随温度和浓度的变化 Spatial Heterogeneity in Ionic liquids * With longer cationic side chains: Polar head groups and anions retain local structure due to electrostatic interactions Nonpolar tail groups aggregate to form separate domains due to the steric repulsion from the continuous polar networks * Y. Wang et al. Acc. Chem. Res., 40, 1193 (2007) * Y. Wang and G. A. Voth, J. Am. Chem. Soc., 127, 12192 (2005) Electric Fields in ILs is NOT as Strong as Expected Ionic liquids have slightly stronger electric fields than molecular solvents Electric fields of most ILs studied still fall in the range of common molecular solvents between THF (5) and DMSO (1) Molecular Solvents (●) [BMIm][X] (▲) [CnMIm][BF4] (■) IR absorption spectra Vibrational Stark effect spectroscopy Electric fields in Ionic liquids ---- Evaluation o