[工学]数学建模案例SPDP基因限制性图谱重构.pdf

DNA限制性图谱绘制SPDP问题的解决算法 DNA限制性图谱绘制SPDP问题的解决算法 DNA限制性图谱绘制SPDP问题的解决算法 DDNNAA限限制制性性图图谱谱绘绘制制SSPPDDPP问问题题的的解解决决算算法法 刘若鹏、彭博 论文摘要 本文首先证明了该问题不存在多项式算法，最坏情况下其时间复杂度不低于 指数。 进而在穷举法基础上提出了一种优化算法，该算法通过分析所有的DNA 片 b-b b-c , 段数据，建立了 表与 表利用两个表的逻辑、几何的关系对穷举二叉树进 行预测，对穷举过程进行强限制，极大优化穷举法。文中并应用计算机实践报告 与复杂度理论分析对所提出的算法进行了深入的测试与评估，对于稀疏的数据该 算法时间平均复杂度是多项式。 在解决了一般SPDP 问题后，针对带误差的SPDP 问题，通过对误差及概率 的讨论给出了一解法，解决了含有误差的SPDP 问题。 在原有SPDP 问题上，考虑实际需要，对SPDP 问题进行分析，提出了改进 方法，并对于一些特殊情况进行了讨论。 关键词： DNA 限制性图谱 SPDP 算法 1 41 第 页 共 页 DNA限制性图谱绘制SPDP问题的解决算法 目 录 1 SPDP 问题介绍 3 1.1 PDP 部分消化法 3 1.2 SPDP 简化部分消化法 4 2 问题分析5 2.1 SPDP 算法的目标 5 2.2 SPDP 算法是指数复杂度问题 5 2.3 穷举法6 2.4 对穷举法优化6 3 建立数学模型以及SPDP 问题算法 6 3.1 关于SPDP 的两种数学模型及其穷举算法 6 3.2 关于SPDP 的一些基本定理 9 3.3 利用基本定理构建SPDP 的标准问题并确定其数据结构 13 3.4 SPDP b-b b-c 16 对 算法进行进一步的优化，建立 表与 表 3.5 SPDP 问题算法 24 4 算法的实践与检验25 4.1 穷举算法实验25 4.2 关于SPDP 问题算法实现中时间与空间复杂度的协调分析 26 5 算法评估27 5.1 对于算法复杂度的估计27 5.2 对SPDP 二叉树数据结构进行分析 27 5.3 对于SPDP 问题算法优化效率的分析 28 5.4 SPDP 问题算法的进一步讨论 34 6 测量值含有误差时对本算法的影响35 6.1 b-b b-c 35 确定 表和 表 6.2 算法的相应变化39 6.3 误差对问题求解的影响39 6.4 有误差计算模型的评价和讨论40 7 SPDP 方案的改进 40 7.1 并行算法40 7.2 SPDP 原理改进 41 2 41 第 页 共