酶学及酶工程课2章2节.ppt

酶学及酶工程 Enzymology and Enzyme Engineering 第二章 酶的性质及制备 第二节 酶的催化作用 一、原子间的作用力 1. 轨道和能级 轨道能级 生物常见原子电子轨道 2. 共价键的形成: σ键 碳原子电子轨道的杂化 π键 共价键：共轭体系 3. 离子键 酶分子上的电荷： 正电：来自 Arg, Lys, His, N端. 负电：来自 Asp, Glu, C端. 正负电荷形成的离子键是强作用力，对形成和维持酶的空间结构，以及酶和底物的相互作用，都起着重要作用。 F = q1q2 / Dr2 式中D为介电常数, q为电荷量, r为电荷间距。 4. 氢键 5. 疏水作用 6. 范德华力 Wan der Waals 二、酶催化的化学机制 1. 酸碱催化： 酸碱催化 酸碱催化 2.亲核催化和亲电催化 亲核催化和亲电催化 3. 金属离子催化 三、酶催化反应的热力学 1. 过渡态和活化能 过渡态和活化能 2. 酶降低活化自由能的方式 ΔG = ΔH – TΔS 熵因素： 进入过渡态时，自由度减少，ΔS是负值，据计算常温下活化自由能约一半是熵因素造成的。 底物在酶上结合时，自由度已减少，形成过渡态的ΔS小得多，使活化自由能减少。包括临近效应和定向效应。 焓因素 乒乓反应中酶的作用 A + B ? P + Q E + A ? EA ? FP ? F + P F + B ? FB ? EQ ? E + Q 转移酶： AC + B ? ABC ? A + BC E + AC ? EAC ? ECA ? EC + A EC + B ? ECB ? EBC ? E + BC The END * * 田维熙 教授 中国科学院研究生院 二个原子轨道上的电子均未成对； 分子轨道电子成对 成键轨道和反键轨道2个分子轨道； 形成成键轨道自由能降低； 正面形成σ键，键在二原子中心连线上。 碳原子的特殊性： 2s和2p轨道能级很接近； 4个外层电子数等于2s+2p总轨道数； 成为形成杂化轨道条件。 能形成三种杂化轨道使碳原子可以和2，3或4个不同原子成键，并可形成π键。 π键是2个原子之间的第2或第3个键。形成π键需要2个原子均有和σ键垂直的p轨道未成对电子。 C-C, C-O, C-N之间均可形成π键。 π键特点：侧面成键，电子流动性大，键能比σ键低。 符合形成π键条件的多个相邻原子可以形成大π键，即共轭体系。在共轭体系中电子具有更大的流动性，这是很多反应的微观基础。 氢键在氢和高电负性的氧，氮原子间形成。 键能3－7千卡/摩尔。供、受体在一条直线上时强度最大。 水易形成氢键。 三类形成氢键的侧链基团：1）作供体：吲哚基，胍基；2）作供体或受体：酰胺基，醇羟基；3）随pH不同作供体或受体：氨基，羧基，咪唑基。 疏水作用是由水的作用形成的，并非疏水基团之间有吸引力。 水易形成4氢键有序结构，缺乏容纳非极性基团的能力。而非极性基团也缺乏和水分子的作用力，会被有序的水分子包围。 两个非极性基团靠近时倾向于一起被水包围，以减少周围的有序水分子，于是被水分子“挤压”在一起了。 1)定向效应；2)诱导效应；3）分散效应（London色散力） PE = A/R12 – B/R6 化学反应通过过渡态完成。酶促进过渡态形成，并和过渡态结合更紧密。过渡态类似物往往是优良的专一性抑制剂。 过渡态形成需要活化能。 非催化反应的活化能高，反应不易进行，速度慢。 酶催化反应降低了反应活化能，而提高了反应速度。 k = ( kb T / h ) e – ΔG/RT 底物结合于酶时反应键拉长或形变.，已吸收一定能量（ ΔH ），形成过渡态所需得ΔH减少。 *