RNA-Seq基因芯片RNA-Seq-生物通.PDFVIP

基因芯片基因芯片?? RNA-Seq?RNA-Seq? Choosing the right tool for the job 选择合适您的工具 芯片还是测序? 选择合适您的工具 您在研究中是否使用了最合适的技术？目前，科研工作者普遍认为，应根据不同的应用与研究目的选择最合适的工具。某 些特定的应用最适合使用芯片，而另一些则适用RNA测序(RNA-Seq)。此外，许多科研工作者也看好在基因表达研究中同时 利用这两种技术的力量。 在为您的研究选择最佳的技术时，您会考虑哪些细节？ 转录组基因芯片 RNA 测序 您在找什么 ? 包含在内 高丰度表达物 检测~20,000个基因需要30-50MReads测序深度 包含在内：可以检测两个样品中基因和外显子水 平的改变，检测灵敏度达到每个细胞中1.5-3条 低丰度表达物 在100M Reads测序深度下可检测32%2 转录本。 包含在内 可变剪切 需要300MReads测序深度1,3 4 2,5 包含在内 长链非编码 (lnc)RNA 许多lncRNA以低水平表达 。需要深度测序。 A 6 保留 链特异性 传统的RNA-Seq不保留。需要特殊文库制备。 带注释和不带注释 带注释或不带注释 带注释或不带注释 您是否考虑过…… 几天到几周 获得结果的时间 几周到几个月 适用所有样品类型。全转录组（WT）分析不需 FFPE组织和少量RNA都面临挑战。大部分样品的 要去除rRNA，血液样品也不需要去除球蛋白 样品类型兼容性 全转录组分析需要去除rRNA。全血也需要去除球 B mRNA。起始量低至100pgRNA。 蛋白mRNA。 适合大规模研究7 样品通量 大规模研究的成本和时间过高7 $$ 成本 $$$$ 放眼基因之外 扩展您对生物标志物的探索空间 由于转录组的复杂性，科学家们如今意识到将其研究范围扩展到基因之外的重要性。lncRNA作为编码RNA和可变剪切的关键 8 此外，预计95% 的人类基因进行过可变 调控因子正受到关注，它们与多种疾病存在关联，有望作为生物标志物或治疗靶点。 9,10 9 11 剪切， 且这些事件受破坏与许多疾病高度相关，因此可变剪切变体也成为生物标志物的有力