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计算机应用作业 02级生物技术 学号：021402152 2001, Vol. 29, No. 1 87-90 题目：遗传学，基因组和发育研究的资源库--斑马鱼的信息网络 作者：Judy Sprague, Eckehard Doerry, Sarah Douglas and Monte Westerfield 斑马鱼国际资源中心，俄勒冈州，尤金综合大学，或者：美国 97403-5274, 收稿日期： 2000年9月1日，接稿日期：2000年10月17日 摘要： 这个斑马鱼信息网络， ZFIN，是斑马鱼遗传学，基因组和发育研究信息来源的全球信息网资源库。ZFIN提供解剖学图表和辞典，发育阶段的研究标准，研究方法，病理学信息以及与之有关联的关系数据库(/ZFIN/)。这个数据库，是建立在相关的面向对象模型的基础上的，为斑马鱼研究社团提供关于斑马鱼突变，基因，遗传标记，图谱的综合信息，以及出版物和相关的文献信息(/ZFIN/)。这个数据库组装上加以补充修整的数据，允许用户向数据库提交数据和大的数据组上传。包括文本，图像，图解式的表示和遗传学图等在内的宽广范围的数据类型都支持这个数据库的使用数据。 ZFIN还可跟其它提供序列和相关数据的基因组资源进行链接。同时它还提供了斑马鱼的命名原则和自动登记新发现物种的命名的系统机制.通过广泛的试验性应用已经找到了一个比较容易适用的窗口界面，已完成在数据库内进行复杂的检索过程。 序言： 近些年来斑马鱼已成为研究脊椎动物的遗传学，基因组和发育的重要的模式生物，它的许多特征使它成为遗传和发育研究的合适对象.这些特征包括它的胚胎是透明的，并且胚胎内包含有许多可以辨认的细胞，这些细胞在解剖学上的和生理发育上的性能已被详细说明并广为传知。斑马鱼个体的细胞能够被人工移植并且能随着时间跟随观察它的发展变化。还可在个体细胞中进行基因表达的监测和基因诱变。另外，也找到了用来分离出的有特征性的斑马鱼的突变的有效方法并且进行了运用，得到的单倍体后代个体已经能生长到五天，只携带单亲基因的纯和体后代也已经得到了。影响控制发育模式，器官形成，生理和行为模式的基因突变已经被分离出来，假设，大多数的基本的分子作用机制都存在于在所有脊椎动物中，那么关于斑马鱼突变的研究将会提供对其他脊椎动物包括人类在内，对他们基因功能进一步研究的提供了理论上根据。 参与研究斑马鱼的实验室的数量以及由这些实验室提供的数据都在日益增长。ZFIN 被委托作为综合处理这些日益增加的数据的中心数据库。ZFIN的目标是：（ⅰ）为关于斑马鱼的遗传，基因组和发育的数据研究建立一个数据库系统，（ⅱ）提供涉及基因突变以及促进对基因调节和功能了解的有效途径，（ⅲ）与其他物种的数据库结合，以比较它们的系统发育的同源性，突变表型和基因表达，和（ⅳ）与来自不同实验室的信息及时地相比较对照以在某种意义上使每个研究人员都能够较容易的从事所开发科学研究。 现在生物科学家和计算机科学家都致力于ZFIN的发展和完善工作，一个数据库的有效性和可用性取决于其对用户需求进行仔细的评估，用户对模型进行详细试用，以及当用户通过适当的数据执行和专业的数据修护时，使用数据库及维持数据库完整性时进行得的互动性的后续分析， 现在ZFIN通过以用户为中心和技术设计的分享的发展已经基本达到了上述的目标。 范围： 为了在斑马鱼研究社团内促进信息交流，ZFIN保存了斑马鱼研究社团的数据和由研究社团提供的关于斑马鱼的实验数据，这些数据是从研究者的研究资料中得到的，即来自上传的大量的数据组和用户提交上来的资料 。数据库中的数据都与他们最初的出处保持着联系，The ZFIN主页(图表1)提供了本数据库的使用指南，用户只要选择他们感兴趣的范围，查询窗口即可向用户返回检索到摘要结果，其中包含相关的详细信息。 View larger version (98K):[in this window][in a new window]? 图表1:ZFIN 主页(). 斑马鱼的研究团体： 斑马鱼的研究团体的资料包括研究人员，实验室，参与的公司，以及出版的文献。ZFIN提供宽泛的联系有关信息的方式，包括在斑马鱼研究方面取得进展的科学家的地址，电话号码，传真，电子邮箱，网址，传记资料，研究领域和所发表的文章等。同样，斑马鱼研究实验室的实验室成员，联络信息，研究领域和发表文献也都可以访问。 公司的资料包括公司的联络信息，主要产品，和其所提供的服务，公司可给研究团体专门列一张清单而不是背书其中就包含有这些信息资料。其中公司还要提供研究团体要使用的试剂和原料，这些也会在双方的协议中有所包含。 当前有关斑马鱼的出版物的书目由ZFIN整理和保存，数据库管理人员定期的到可能含有最新资料的来源去搜索信息，如联机医学文献分析和检索系