CN107085674-CN201710148960-一种基于改进萤火虫算法的多模态蛋白质构象空间优化方法.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 107085674 A (43)申请公布日 2017.08.22 (21)申请号 201710148960.6 (22)申请日 2017.03.14 (71)申请人 浙江工业大学 地址 310014 浙江省杭州市下城区朝晖六 区潮王路18号 (72)发明人 张贵军　郝小虎　王小奇　周晓根　 王柳静　 (74)专利代理机构 杭州斯可睿专利事务所有限 公司 33241 代理人 王利强 (51)Int.Cl. G06F 19/16(2011.01) 权利要求书1页 说明书4页 附图1页 (54)发明名称 一种基于改进萤火虫算法的多模态蛋白质 构象空间优化方法 (57)摘要 一种基于改进萤火虫算法的多模态蛋白质 构象空间优化方法，包括以下步骤：在基本萤火 虫算法框架下，采用粗粒度能量模型来有效降低 构象空间维数，利用萤火虫算法的群体特性来保 证蛋白质构象的多样性，采用片段组装技术对构 象群体进行初始化，依据蛋白质构象的粗粒度表 达模型，以一组二面角表示构象在空间中的位 置，采用能量排名来确定最强发光个体，选取排 名前十的萤火虫个体作为模态中心，并计算他们 对其余个体的吸引度来更新构象的位置，纳入吸 引度最高的模态，吸引度指标根据两个萤火虫个 A 体的空间距离和相似度计算得到，最终在构象空 4 间中搜索得到一系列能量较低的近天然态构象。 7 6 5 本发明提供了一种预测精度较高、复杂度较低的 8 0 7 构象空间优化方法。 0 1 N C CN 107085674 A 权　利　要　求　书 1/1页 1.一种基于改进萤火虫算法的多模态蛋白质构象空间优化方法，其特征在于：所述构 象空间优化方法包括以下步骤： 1)给定输入序列信息； 2)参数初始化：设置群体规模popSize、子种群数目N 、子群规模上限N 、迭代次数 sub sup generation、光强吸引因子γ和位置更新步长因子α； 3)群体构象初始化：根据给定输入序列，随机生成popSize个个体，对群体中的每个个 体做length次片段组装，并计算其荧光亮度I ，其中length为序列长度，I ＝-E(p)＝ o o RosettaScore3(p)，E为通过RosettaScore3能量函数计算得到的蛋白质构象能量值，p表示 单个构象； i 4)对步骤3)中计算得到的荧光亮度从大到小排序，令荧光亮度最大的前N 个体为p ， sub g i∈[0,N ]； sub 5)开始迭代： i i 5.1)划分