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SPM使用简介一、Spm的安装与启动：先安装matlab，然后将spm复制到matlab下的一个文件夹（Spm2需要和matlab6.0或以上版本配合使用）。启动matlab，首先set path，然后在matlab命令窗口中输入spm即可启动，然后选择fmri，也可以直接输入spm fmri二、Spm数据处理概要先将所得数据进行空间预处理（对齐，平滑，标准化等），然后进行模型估计（将刺激的时间、间隔与血流动力函数进行卷积，所得结果与全脑象素信号进行相关分析），最后察看结果。三、Spm数据处理一般步骤1、转换数据dicom格式转换为img文件，将以层为单位的数据转换成以全脑为单位的数据。2、Slice timing校正系列成像中层与层获得时间的不同，使一个TR中的各层获得时间一致（如都在一个TR的开始），相当于afni中tshift所做的工作。3、Realign（相当于afni中的registration）分两步：1）coregister，将每个session的第一个scan与第一个session的第一个scan进行比较，然后将每个sessioni中的其他scan与本session中的第一个scan进行比较，得到每个filename.img文件的转换参数，生成filename.mat文件，同时为每个session生成一个对齐参数（realignment parameters），文件名为realignment_params_*.txt2）reslice，用filename.mat文件对filename.img重新切片，生成rfilename.img文件。并可依选择生成一个平均象，名为meanfilename.img。4、Normailze选用realign步骤中得到的平均象与模板进行比较，获得进行标准化的参数，参数文件命名为filename_sn3d.mat，然后依据此参数文件对每个img文件进行标准化，生成文件nfilename.img.5、Smooth推荐为象素大小的两至三倍。6、Fmri models依据提示填入刺激出现的间隔与时间，并选择实验涉及类型，然后进行估计。估计结果生成spm.mat等文件，保留在当前工作目录7、Result选中刚才生成的spm.mat文件，定义constrast，看结果。 磁共振实验数据 SPM8 处理说明 一、数据准备 为方便后续的数据处理，如果数据分散处理后整合，建议所有处理数据路径保持一致，要统一路径。处理前首先要采用数据转换软件将 dicom 数据转换成 SPM 解析格式，转换时格式请选择 NIfTI，可用 SPM 输入面板中的 DiCOM Import 模 块转换，也可以采用专门的转换软件，如 MRIcovert。然后进行数据预处理，预 处理结束后到 matlab 安装目录中备份 spm*.ps 文件，其中包含了空间校正和标 准化的信息，然后进行建模分析。 二、数据处理流程 1：Slice Timing Spm8 和以往版本一样，先安装 matlab7.1 以上版本，然后将 spm8 文件夹放 在 matlab 安装目录中，我们一般放在 toolbox 文件夹中，然后启动 matlab 用菜 单中设置路径命令增加 spm8 的路径并保存。之后我们运行命令：spm fmri，这 样将打开 spm8 的操作界面， 我们称左上侧的窗口为按钮窗口(button window)，左下侧的窗口为输入窗 口(input window)，右侧大窗口为树形结构窗口或图形窗口 (Tree Building Window or the graphics window)。 Slice Timimg 用来校正 1 个 volume 中层与层之间获取(采集)时间的差异， 对事件相关设计的实验尤为重要。 我们在按钮窗口中的预处理面板中点击 “Slice Timimg”，将出现如下对话框： 在 spm8 和 spm5 中，每一步处理都采用了直观的“树形结构”的面板，如果 一个分支项左面有“+”号，你可以双击显示子分支项， 如果一个分支项右面有 “—X”号，你必须为之指定选项(否则不能运行该 tree)，分支项的选项在其 右侧面板指定，而帮助信息则在下面的面板中显示。如果我们处理数据没有特殊 需求，我们只关心带有“—X”项目并完成输入即可，其余均可采用默认设置。 另外注意在 Tree Building Window 的顶部菜单，新增了一个菜单项“TASKS”， 在使用批处理分析时非常重要。对上图右侧选项我们做如下设置： Data，点击 data 并在下面的面板中点击“new session”,这样在 data 下会 出现“session”的分支项，选中该项并点