(精选)医学生物信息基础 第7讲 数据库(简)课件.pptVIP

核酸 序列 数据库 蛋白质 序列 数据库 蛋白质 结构 数据库 DDBJ EMBL GenBank SWISS-PROT PDB PIR 生物分子数据的收集与管理 （一） 核酸序列数据库 美国生物技术信息中心 GenBank /Genbank/ 欧洲分子生物学实验室 EMBL http://www.embl-heidelberg.de 日本国立遗传研究所的 DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-e.htm 核酸序列数据库 Genbank 包含所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及相关的文献著作和生物学注释。 美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护 EMBL核酸序列数据库 由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护 通过因特网上的序列提取系统(SRS)服务完成查询检索。 DDBJ数据库 日本国立遗传学研究所维护 与Genbank和EMBL核酸库合作交换数据。使用主页上SRS工具进行数据检索和序列分析 全球数据已实现同步化 Global data synchronization 软件和数据库 Public free Available via Internet 1982年，第一个核酸序列数据库GenBank（Los Alamos） ——1982年，606条序列，长度680,338bp ——2004年，约43,322,756条序列，长度约7.1?1010bp 2005： International sequence databases exceed 100 gigabases ！ 1.??核酸序列数据库 在各种生物信息数据中，最为重要的还是DNA序列数据。 目前主要有三大核酸序列数据库： * 欧洲生物信息学研究所(EBI)EMBL数据库， * 美国国家生物技术信息中心NCBI的 GenBank数据库 * 日本国立遗传学研究所的 DDBJ 数据库。 EBI GenBank DDBJ EMBL EMBL Entrez SRS getentry NIG CIB NCBI NIH Submissions Updates Submissions Updates Submissions Updates 这三大数据库虽然具有各不同的数据记录格式，但是对于核酸序列均采用了相同的记录标准，同时每天收集都交换数据以达到数据的更新和一致。从地域角度而占， EMBL 主要负责收集欧洲的数据， GenBank 负责美洲， DDBJ 则负责亚洲。 BioSino 数据库 是中国自主开发的核酸序列公共数据库，发表我国各基因研中心提供的核酸序列，并接受我国核酸序列的注册登记，由中国科学院上海生 科学研究院生物信息中心维护，其网址为：/。 2. 基因组数据库 基本数据库的另一大类来源是众多的基因组测序计划所获得的大量基因组序数据。 目前已经完成了以下基因组测序；代表性的真核生物酿酒酵母、线虫、果蝇。继2000年6月26日科学家公布人类基因组“工作框架图”之后，英、日、德、法，中等6国科学家和美国塞莱拉公司2001年2月12日联合公布了人类基因组图谱及初步分析结果。 公布的人类基因组图谱是在原“工作框架图”的基础上，经过整理、分类和排列后得到的，它更加准确、清晰、完对它的初步分析表明： 人类基因组由2.85亿个碱基对，共有2.5万个基因。 目前这些序列均可从EMBL、GenBank、DDBJ获得。同时还有更多基因组测序项目在进行中， 主要内容：基因组结构、基因单位、基因组图谱等 （遗传图、叠连群图、放射杂交图等） 分布：由各国基因组研究中心组建，分布在世界各地的 信息中心、研究机构。 代表性的基因组学数据库有： 人类基因组数据库GDB NCBI基因组数据库 Genome 中国水稻基因组数据库 /viewdb （1）基因组学数据库概述 截至2009-4-13 共收录了5316个物种的基因组信息，其中病毒类2143个，真核生物 1896个，细菌1127个，古生菌73个，类病毒39个，质粒38个 共收录基因组信息10074条，真核生物Entrez Map View （2） 人类基因图谱数据库 GDB数据库 GDB数据库目的在于支持构建人类基因图谱和测序。现其主节点移至加拿大多伦多儿童医院生物信息超级计算中心。 GDB（美国、加拿大） 1990年，John Hopkins大学建立，