细胞信号转导的复杂性及其动力学模拟研究.pdfVIP

泸州医学院学报 2005年 第 28卷 第 3期 274 JournalofLuzhouMedicalCollege Vo1 ． 28 No．3 2005 细胞信号转导的复杂性及其动力学模拟研究 代荣阳，周志远综述，李 洪 审校 (泸州医学院基础医学院生物化学教研室，四川泸州 646ooo) 中图分类号 Q811．3 文献标识码 A 文章编号 10o0—2669(2005)3—0274—03 机体整体功能上的协调统一是通过细胞与细胞间相互 手段，要获得完整、精确的信号网络视图需要数学工具的辅 识别、联络和相互作用而实现的…，细胞内存在着多种信号 助 。细胞信号转导的复杂性已成为计算模拟的研究焦点， 转导方式和途径，各种方式和途径间又在多个层次上具有交 它吸引着众多的计算机转机专家、数学家、系统生物学家对 叉调控，形成了一个十分复杂的信号网络系统。阐明细胞信 其进行模拟研究。 号转导复杂性机制对于认识细胞在整个生命过程中的增殖、 2．1 EGFR途径 分化、代谢、癌变及死亡等诸方面的表现和调控方式，进而理 计算模型在表皮生长因子受体 (EGFR)的阐明中扮演了 解生命活动的本质具有重大意义，同时对于在分子水平上认 重要角色。多年来，模型被用于分析EGFR动力学和解释变 识各种疾病的发病机制、发现新的诊疗手段具有重要的实用 化的研究，目前被用于理解信号转导等过程。模型在 EGFR 价值。本文主要介绍信号转导的复杂性及其模型模拟研究， 中的成功应用表明了模型分析在研究信号转导复杂性中的 为进一步的研究提供借鉴及帮助。 价值 ]。虽然有大量的数据在分子水平上描述EGFR信号， 但是我们对细胞对EGFR所作出的复杂反应模式的理解仍 1 概 述 然较少，其中一个主要原因是缺乏定量描述，因此详细认识 生物信号转导的复杂性源于信号网络包含的巨大信号 细胞复杂动力学反应需要把计算和实验的方法结合起来 j。 组分、网络组分之间的联系和各组分间的空间关系。生物体 内吞作用对 EGFR的调节起着重要的作用，HendriksBS 内存在众多的信号途径，不同途径交叉作用构成复杂的信号 等L7采用了定量的计算模型来分析这一复杂的动力学调节 网络，网络引发了单个途径不具备的涌现特性，其中包括信 过程。研究表明EGFR同二聚化作用和 EGFR／HEIt2异二聚 号持续时间的延伸、反馈环的激活及其所至的双稳态、引发 化作用表现出相当的亲和力及EGFR／HEIt2异二聚体作为独 生物效应的限定输入刺激初始值和信号输出结果的多样化。 立实体进行转运，该模型预言HER2的表达水平与EGFR同 信号转导的区域性导致了多个层次的复杂性。首先，质膜为 型二聚体和EGFR／HER2异型二聚体分布的关系，正常细胞 存在于其中的许多信号组分及其底物提供了远离胞质的化 中的HER2水平仅达到引发异二聚化作用 的初始水平。 学反应环境，质膜的脂质环境使包括疏水反应的一类新反应 KholodenkoBN等 在实验动力学分析的基础上利用计算模 成为可能，其根据进入成分、有效浓尸芝和与膜相关的定位成 型对孤立肝细胞对 EGF的短期细胞反应模式进行了分析， 分的改变引入了双维反应环境；其次，细胞器导致了可能的 为了结合实验结果对EGFR信号网络动力学行为进行描述， 分子亚环境进一步扩张，这些环