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系统生物学Toward System-level Understanding of Biological Systems Tiantian Li 2003-10-29 What?is?Systems?Biology? 系统生物学是研究一个生物系统中所有组成成分（gene、mRNA、protein等）的构成，以及在特定条件下这些组分间的相互关系的学科。系统生物学不同于以往的实验生物学——仅关心个别的gene和protein，它要研究所有的gene、所有的protein、组分间的所有相互关系。系统生物学是以整体性研究为特征的一种大科学。 创始人：美国科学家 Leroy?Hood 1999年：The Institute?for?Systems?Biology 研究内容 (1) the structure of the systems, such as genes, metabolism, and signal transduction networks and physical structures, (2) the dynamics of such systems, (3) methods to control systems, and (4) methods to design and modify systems for desired properties. 产生背景 DNA结构与功能 基因、基因组学与HGP RNA结构与功能 蛋白质、蛋白质组学 分子生物学及相关技术 细胞生物学及相关技术 遗传、发育、疾病与进化相关知识的积累 新技术的突破 …… 系统生物学的灵魂——整合 系统生物学与基因组学、蛋白质组学等各种“组学”的不同之处在于：它是一种整合型大科学。 需要一套原理和方法将系统内部各个组分的行为（behaviors）与系统的特性及功能连接起来。 还原论?整体论 避免机械唯物主义，1+1=3（系统科学的核心思想是：“整体大于部分之和”） 首先，它要把系统内不同性质的构成要素（基因、mRNA、蛋白质、生物小分子等）整合在一起进行研究。 系统生物学研究所第一篇论文：整合酵母的基因组分析和蛋白质组分析，研究酵母的代谢网络（Ideker?T,?et?al.?Science,?2002,?292:929?）。 不同生物分子的研究难度不一样，技术发展程度不一样，它们的研究水平有较大的差距：基因组和基因表达方面的研究比较完善，蛋白质研究较为困难，生物小分子的代谢组分的研究更不成熟。 真正实现这种整合还有很长的路要走。 对于多细胞生物，系统生物学要实现从基因到细胞、到组织、到个体的各个层次的整合。 系统科学的核心思想：“整体大于部分之和”；系统整体特性是不同组成部分、不同层次间相互作用而“涌现”的新性质。 对组成部分或低层次的分析并不能真正地预测高层次的行为。如何通过研究和整合去发现和理解涌现的系统性质，是系统生物学面临的一个根本性的挑战。 系统生物学整合性的第三层含义：研究思路和方法的整合。 经典的分子生物学研究——垂直型的研究。（即采用多种手段研究个别的基因和蛋白质。首先在DNA水平上寻找特定的基因，然后通过基因突变、基因剔除等手段研究基因的功能；在基因研究的基础上，研究蛋白质的空间结构，蛋白质的修饰以及蛋白质间的相互作用等等。） 基因组学、蛋白质组学和其他各种“组学”——水平型研究。（即以单一的手段同时研究成千上万个基因或蛋白质。） 系统生物学的特点——把水平型研究和垂直型研究整合起来，成为一种“三维”的研究。 此外，系统生物学还是典型的多学科交叉研究，它需要生命科学、信息科学、数学、计算机科学等各种学科的共同参与。 先人眼中的系统生物学 中医——天人合一的黑箱 1933 Cannon 稳态学说 1948 Wiener 生物控制论 1968 Ludwig von Bertalanffy 总体系统论 建立于生理学水平的对生物系统的认识 分子生物学的发展是系统生物学发展的催化剂。 系统生物学的基础——信息 生物学是一门信息科学： 生物学研究的核心——基因组是数字化的； 生命的数字化核心表现为两大类型的信息，第一类信息是指编码蛋白质的基因，第二类信息是指控制基因行为的调控网络； 生物信息是有等级次序的，而且沿着不同的层次流动。 根据系统论的观点，构成系统的关键不是其组成的物质，而是组成部分的相互作用或部分之间的关系。这些相互作用或者关系，从本质上说就是信息。 生命是远离平衡态的开放系统，为了维持其有序性，生命系统必须不断地与外部环境交换能量，以抵消其熵增过程。 因此，生命系统是一个信息流的过程，系统生物学就是要研究并揭示这种信息的运行规律。 系统生物学研究范围 (1) genomics and other molecul